正如朱由桹一早计划的那样，击败孔有德之后，他麾下的北伐大军需要在湖南休整一段时日。
在此期间，大明朝廷需要将湖南局势安定下来，对本地士民要创建并维持较为稳定的统治，才能够使湖南得以成为合格的北伐后方基地。
之所以曾经放言三年灭虏的朱皇帅，如今会不争朝夕，做出让大军在湖南休整一段时间的决策，理由肯定是有诸多方面的。
而其中最主要的理由，就是后勤补给方面的问题。
稍有常识的人都知道，后勤是影响战争胜负的一个重要因素，最起码也应当与军队实力和战略战术这其他两个因素同等重要。
毕竟，再训练有素、再有高明将领指挥的战士，连续好几天没饭吃，也得饿趴下，然后在面对敌人时，这些饿趴下的战士，恐怕能发挥出吃饱时候的一成战斗力都算是好的。
哪怕朱皇帅只是基本收编了郴州府郝永忠部、衡州府卢鼎部、燕子窝黄朝宣残部、唐曹援军、在明清之间左右横跳的「新新降兵」这类的一部分湖南明军，还没有对武冈刘承胤部，镇峡关曹志建部，澧州马进忠、王允成部以及李过、高一功、袁宗第等诸多顺军余部兵马下手。
可如今朱由桹麾下以大约二万五千近卫军战兵为内核出租车卒兵丁林林总总加起来的总数量，也还是已经超过了十万。
十几万人马，人吃马嚼，需要消耗的粮草是巨大的。
久经战乱和军头竭泽而渔式刮地皮的湖南，荒废度很高，北伐兵马所需要的粮草，大多只能依靠广东来转运。
这个时代没有铁路，只有水运可以较低成本、较大批量地运输物资，可是从广东到湖南，并没有什么灵渠之类的人工运河来勾连湘江水系和粤江水系，故粮草运输不能够完全凭借水运。
陆路运输成本太高，虽然由粤至湘的陆路运输主要是存在于湘粤交界处的韶州府和郴州府地区，距离不算特别长，但这块区域正好要翻越南岭，山区地形颇为复杂，这对粮草转运效率造成了较大的负面影响。
正如军事后勤学中所谓的「距离之暴虐」，即随着补给线的增加，粮草转运成本会急剧增加，比如秦汉时期远征匈奴，转运成本往往达到几十倍乃至上百倍，即要想把一斤粮食送到前线，途中居然需要消耗几十斤乃至上百斤。
广东到湖南的总体粮草转运成本，当然比不上秦汉远征鸟不拉屎地区的烂地王大匈奴单于国，可湖南毕竟的确荒废残破，再加上粮草运输途中还有各种意外，于是，粤湘途中转运的粮草，也大部分都损耗掉了。
总而言之，朱由桹认为，在无法有效组织湖南民力的前提下，贸然继续向北进攻，拉长补给线，会使得北伐大军后勤压力很大。
那种情况下，一方面会更加压榨广东民力，另一方面也难以保证北伐大军的军纪，这不符合朱由桹心目中的长远利益。
朱由桹至少现在认为，既然他所主导的抗清战争必将胜利，那么就不应该操之过急，没有必要不切实际地想着多快好省、拔苗助长，还是稳扎稳打、步步为营，方为上策。
磨刀不误砍柴工，反正无论如何，三年时间平定建州之乱，肯定是绰绰有余的。
既然决定了让大军在湖南休整，朱由桹理所应当地就把他的「大明皇帝行在」兼「无敌大元帅府」临时放在了长沙城。
本来朱由桹还考虑将其临时巢穴放在衡州的，毕竟衡州，乃是他桂王系盘踞时间最长的老巢穴，很有感情。
但他又考虑到长沙城战略位置比较重要，而且相对衡州来说更为靠北，将此作为大明天子的临时巢穴，更加能够显示出他朱某人志在北伐的进取精神，激励天下士民的抗虏斗志。
身在长沙城的朱由桹，除了着手对包括但不限于原属于唐虞会、曹惟建麾下的湖南明军进行彻底整编，以及对近卫军进行扩充之外，还大肆向湖南各地派出使者和官吏。
诏令宝庆府武冈的刘承胤不要继续和所谓的「作乱苗人」纠缠，而是立刻马上亲自率领主力兵马前来长沙会师。
靠近湘江交通方便的长沙城，有着足够的粮饷，来了的话，慷慨的大明皇帝朱皇帅不会差饿兵的，若是胆敢不来的话，后果自负。
诏令永州府镇峡关的曹志建不要继续和所谓的「作乱瑶人」纠缠，而是立刻马上亲自率领主力兵马前来长沙会师。
来了的话，粮饷大大的有，不来的话，六师移之。
在朱由桹看来，把这些军头麾下负责「保境安民」的丘八，全部调到长沙附近，调到他朱某人的眼皮子底下，严加看管和整编，地方就可以除去了最大的祸害，只要一些官吏和一小部分驻防兵马就可以保得地方平安，百姓安稳。
除了刘承胤、曹志建这两位一直在后方摸鱼儿的天王之外。
朱由桹还派遣使者前去湘西山区寻找或许正沉迷旅游的袁宗第、牛万才，派遣使者前去常德一带寻找受到堵胤锡节制的马进忠、王允成。
值得一提的是，堵胤锡、马进忠、王允成当初在放弃常德前去援救长沙途中听闻长沙城被清军攻陷之后，无路可去，就向西北撤入了澧州西部的九溪卫、永定卫一带。
待耿仲明放弃常德前往援救长沙途中听闻长沙城被明军收复之时，堵、马、王等人率军自湘西九溪、永定一带出发，对常德发起进攻，常德城空虚，于是，几乎与朱由桹收复长沙城同一时间，堵、王、马率军收复了常德。
在常德也有间谍的朱由桹自然第一时间得知了常德光复的好消息，这使得他对堵、马、王这几个人，印象比较好，这是因为，朱由桹认为他们几个能够趁机主动收复失地，在湖南明军中是一件难得的事情，值得赞扬。
朱由桹在湖南许多地方都布置了间谍，但这些间谍多在暗处，而且单个地区数量稀少，朱由桹认为他们若是过早暴露，不利于他的大局，所以使者和官吏还是应当从长沙派遣的。