时间转眼就来到了6月，阿莱克修斯在这两个月里做了许多救国的事，首先他回到了特拉比松，控制来往人群，随后他又收留从君士坦丁堡逃来的难民，尽全力为他们提供帮忙，接着他又临时拼凑了一支规模不大的军队，向被普洛尼亚领主控制的农村地带扩张，通过一系列妥协领主的办法换取了他们对自己的信任，使他们接受了统一领导，从而在最大程度上整合了抵抗拉丁帝国的罗马人势力，有了一定的代表性。
到如今，阿莱克修斯・科穆宁的势力已经完全控制了特拉比松地区，在本都山脉以外还有一些不愿意合作的领主由于靠近罗姆苏丹国的领土，阿莱克修斯一时半会还不能动他们。
虽然现在做到了名义上的统一，但实际情况远比想象中的糟糕。
第一是农业问题，要知道在生产力落后的古代，农业的发展是至关重要的，农业的兴衰为国之根本，是国家生存的基础和保障，即使是东罗马帝国这样高度依赖贸易税收的商业帝国，田税也占国库收入很大的比例。
而在阿拉伯人入侵，帝国丢失了埃及、阿非利加这些重要的产粮区后，帝国的国库税收直接锐减三分之一以上！后者不得不实行军区制。在接下里的几百年里，帝国最重要的产粮区则转变为了肥沃的小亚细亚沿海地区，西西里岛或许还可以为帝国提供粮食供给，但不久后也被外敌入侵彻底丢失。
小亚细亚地区最肥沃最精华的地区就是沿海地带，这里生活着数百万希腊人，加之自古希腊人就喜欢居住在沿海地区，所以这里的人流量一直很高，长期保持着人口逐步上升的情况；直到后来土地被突厥人逐步吞噬，奥斯曼帝国强制移民大量的突厥人到这里，才导致当地希腊人比例逐渐下降。
古代农业除了需要当地肥沃值高，还需要有足够的人来耕种。1204年后帝国被分割成几块，拉丁帝国占据了色雷斯一块，在萨洛尼卡、雅典一带还有一些由拉丁骑士建立的公国，而伊庇鲁斯、尼西亚、特拉比松构成了帝国的三股流亡势力，但却又勾心斗角，权力让昔日的同胞兄弟成为了战场上的敌人。因此，阿莱克修斯虽然占据了特拉比松这块宝地，但劳动力紧缺，没有足够的年轻人来耕种土地，加上本都海岸走廊地带时常受到突厥人的进攻，很难从西小亚细亚调动人力过来，更何况占据尼西亚的拉斯卡利斯家族自身难保，更不可能将本就紧缺的人力资源送给特拉比松，两个势力之间不存在和解的理由。
没有足够的劳动力，意味着土地大量荒废且没人耕种，加之可用土地基数少，与横跨三洲的东罗马帝国不可同日而语，其可耕地面积不足，严重束缚了农业的发展；人力资源短缺将会是阿莱克修斯长期面临的经济、军事双重问题，广袤的土地上劳动力严重缺乏意味着连扩军都成为了难题，这些都对阿莱克修斯的势力发展将受到极大的影响。
第二，是工商业问题。由于帝国的海军几乎消耗殆尽，无力对抗海上贸易强国威尼斯，威尼斯人强占了大片地理位置优良的贸易港口，将沿途而来的财富通通汇集在自己手中，但特拉比松位于小亚细亚东北部，对于黑海贸易有着至关重要的地位，在克里米亚半岛的殖民据点也被热那亚人占领，使得威尼斯的垄断贸易无法进行，一向看重利益的威尼斯人必然会通过战争、经济制裁等手段解决这一问题，因此也将影响特拉比松的工商业发展；加上刚才说的缺粮问题，还有一些急需的资源，如人力、蚕丝、茶叶、丝绸、玻璃等等，这些都是特拉比松短缺的。以上几点构成了严重的贸易逆差问题，说简单点，特拉比松要花费大量的资金进口物资，而能出口换钱的商品却少之又少，国内商品需求不稳定，政府开支将消耗极大，对这个新生的势力来说将非常不利。
第三，是当地社会矛盾问题。东罗马帝国的危机始于11世纪，究其原因大贵族土地兼并、小农日益贫困、最终破产是最重要的社会矛盾，帝国的财政出现困难，严重打击了帝国的经济基础，加之中央的无能和日益严重的腐败问题，导致当地社会出现两极化的消极情况，富人越来越有钱，地主（富农）阶级越来越庞大；自耕农越来越少，破产者越来越多，被饥饿和疾病逼急的穷人到处掠夺物资，给当地社会的秩序带来了沉重打击。
这个问题也将极大限制农业的发展，农民没了自己的土地，加上被压迫，劳动积极性便会极速下降，自然粮产量会降低。
第四，是雇佣军问题。对外战争的胜负对国家的重要性不必多说，阿莱克修斯必须建立一支强大的、罗马人自己的军队。让罗马人自己来保护国民免受虎视眈眈的狼群的侵害。
外国雇佣军在罗马历史上几乎始终活跃，即使在军区制时期，它也是一股重要的军事力量。