东汉后期，政治极端腐败，宦官、外戚争相专权，豪强地主放手兼并土地，农民纷纷破产流亡，阶级矛盾十分尖锐，农民不断起来进行反抗斗争。黄巾起义bào发前的七、八十年间，曾bào发大小起义百余次。这些起义，遍及各州，队伍越来越大，往往标出“皇帝”、“天王”等称号，直接对抗东汉皇权。虽然由于分散斗争而先后被镇压，但却鼓舞了农民继续反抗的斗志，留下了深刻影响。当时民间流传着一首歌谣：
“小民发如韭，剪复生，
头如鸡，割复鸣。
吏不必可畏，
民不必可轻。”
反映了农民不怕镇压，坚持反抗的革命思想已经成熟。
东汉末年，太平道领袖张角自称大贤良师，画符诵咒，为人治病，在贫苦农民中间，广泛宣传原始道教的平等思想。东汉中期编成的《太平清领书》，包含不少原始道教反对剥削压迫的教义，而“张角颇有其书焉。”书中指责富人，“积财亿万，不肯救穷周急，使人饥han而死，罪不除也”。又把富人比作粮仓中的老鼠，“常独足食”，非常不公。书中认为，对这些富人，“盗贼闻之，举兵往趋，攻击其门户”，是必然的结果。它甚至公开提出，皇帝库藏不该
归一人独有，老百姓“其有不足者，悉当从其取也”，把矛头指向了最高统治者。张角借用这部书的理论，利用宗教的形式，长期进行发动群众和组织群众的工作。经过十几年的艰苦深入工作，信徒发展到几十万人，遍及青、徐、兖、豫、幽、冀、荆、扬八州(今山东、河北、河南、江苏、安徽、湖北等地)。张角在人民群众中享有崇高的威望，统治阶级也承认：“天下襁负(背着小孩)归之”、“万民乐附”。
张角把信徒们组织起来，以“方”为单位，分作三十六方，大方一万多人，小方六、七千人，每方各设渠帅。他们提出了口号：“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”，在群众中广泛宣传。苍天指汉朝廷，黄天则是张角自喻。甲子年是公元184年。张角还派人到各州郡和都城洛阳的官府大门上，用白土写上“甲子”二字，鼓舞参加革命斗争的广大人民群众。
经过充分准备以后，张角决定甲子年(公元184年)三月五日，全国各地信徒同时起义。张角事先派大方帅马元义到洛阳部署起义。准备调荆、扬二州的信徒数万人，集中到邺城，配合洛阳附近的信徒，同时起义，一举攻下洛阳。由于政治危机严重，统治阶级内部不断分化动摇，很多宦官、宫廷卫
士也都信奉起太平道，愿在起义时作为内应，马元义并数次出入京师联系。不料被叛徒唐周告密，马元义被捕牺牲，京师之内被搜捕杀害了一千多人。
起义计划被泄露后，东汉政府下令冀州官吏追捕张角，形势十分急迫。张角等连夜通知七州二十八郡诸方，提前于二月同时起义。张角称天公将军；他的两个弟弟，张宝称地公将军，张梁称人公将军。各地起义农民，都头裹黄巾作为标志，称黄巾军。发动起义后，“旬日之间，天下响应，京师震动”，形势发展很快。农民军到处烧官府，杀官吏，攻打地主庄园，沉重打击了东汉统治者。
东汉政府急忙调集大军，布置在洛阳周围，又派出卢植、皇甫嵩、朱等几支部队去镇压农民军。当时，黄巾军的主力分驻三个地区；冀州地区，由张角、张宝、张梁直接指挥；颍川地区，由波才领导，南阳地区，由张曼成领导。起义军在开始几个月，不断取得胜利。张角指挥义军打败了卢植；颍川黄巾军打败朱傍；南阳张曼成攻杀南阳太守。农民军声势越来越大。
当时，颍川地近洛阳，对东汉统治威胁最大。因此，东汉政权增调皇甫嵩、曹cāo，配合先到的朱，集中兵力先攻颍川黄巾军。农民军英勇奋击，反把皇甫嵩包围于长
社。但农民军缺乏作战经验，在长满草的地方结营待战。皇甫嵩借风势火攻偷袭，朱、曹cāo乘势夹击，黄巾军大败，几万人壮烈牺牲。颍川一战，牵动全局，东汉政权得以把主力部队调去镇压冀州等地的黄巾军，整个形势开始逆转。
公元184年八月，张角病死，黄巾军失去了一个重要领袖。张宝、张梁继续领导农民军，抗击皇甫嵩的进攻。在保卫广宗的战斗中，张梁的部队，兵精而勇，斗志昂扬，皇甫嵩几次接战，都无法取胜。诡计多端的皇甫嵩，“闭营休士”，坚壁不出，以松懈农民军斗志。然后，他乘黑夜农民军不备，发动突然袭击。混战到天亮，张梁战败牺牲，三万多农民军被杀，五万多农民军投河而死，无一投降。后来，张宝在下曲阳也被皇甫嵩打败，英勇牺牲。
在冀州黄巾军血战的同时，南阳黄巾军也在和东汉政权进行拚死战斗。张曼成、赵弘、孙夏等农民领袖，在攻取宛城和保卫宛城的斗争中，不幸先后战死，南阳黄巾军也被打败。
三支主力部队失败后，分散在其它各地的农民起义军，仍然高举着黄巾军的旗帜，继续进行战斗。其中有几支声势较大，如冀州的黑山军，有上百万人，并州的白波黄巾军，也有十几万人；益州黄巾军，曾控
制今四川大部地区；青州黄巾军，也有一百多万，活跃在山东中部，攻杀过济南王刘赟。从公元184年起义开始，各地黄巾军此伏彼起，前赴后继，一直斗争了二十多年，才被最后扑灭。
黄巾大起义，是我国历史上第三次全国规模的农民革命战争。比起秦末、西汉末两次大起义，这是一次有周密计划、有长期准备、有明确目标的农民革命运动。同时，这次起义不再利用某些统治者的旗号，而是公开提出“黄天当立”的革命口号，表明了农民革命斗争有了新的发展。
当时除太平道之外，还有张陵创立的五斗米道。张陵孙张鲁依靠益州牧刘焉的势力，占领了汉中，张鲁自称师君，信徒称鬼卒，官吏称祭酒，不用太守、县令名号，由祭酒管理民事。据史书记载，张鲁在大路上设立义仓，备有义米义ròu，行人可以住宿取用。民有小过，罚修路一百步，犯罪三次，然后行刑。张鲁在汉中统治近三十年，在军阀混战、天下大乱的东汉末年，汉中成为当时最平静的地区，关中流民前来逃难的达数万家。公元215年，曹cāo攻汉中，张鲁投降。此后，五斗米道主要在统治阶级中流传。