由于南明的历史主要是由一些南方的文人记载，他们或者在两广、湖广或者在江南记载了大量的当地百姓抗清事迹，其实在北方百姓抗清的烈火也从未停止。
首先原先在大顺军统治之下已经重新回家务农的百姓因为清军的到来以及压迫愤而重新反抗，其次曾经勾结清军进攻大顺军的一部分地主也因为满清的剃发令，以及重视辽东汉人轻视关内汉人的歧视政策之下开始反抗。
“这些养不熟的白眼狼！给我都把他们杀了！”在摄政王府之中，门外的仆人瑟瑟发抖的听着屋里摄政王多尔衮的咆哮声，这几天因为一些小事已经被摄政王杀了不少同伴了。
在大厅之内只见多尔衮被气的面色通红，此时他的兄弟多铎以及心腹谭泰、冷僧机等都在屋内，作为满人中少有的文化人祁充格、刚林也列席其中，此时他们在这里是商议南方的战事但是又收到了密报，京师内降臣意图谋反。
多尔衮也没想到原本从入关以来一切顺利的局面怎么突然从今年开始变了样，本来他刚刚通过联合手下剥夺了济尔哈朗的辅政资格，自己大权独揽正在得意却突然接到了广东李成栋、佟养甲被杀的消息，这还没过几个月呢又收到了郧阳王光恩反叛、孔有德战死的消息。
其实此时江西金声桓反正的消息与明军收复常德、长沙等地的消息还在八百里加急赶来的路上，多尔衮要是知道了更得气死。不过此时他被京师降臣造反的消息给震惊，因为这些在他印象里贪财胆小毫无本事的前朝勋贵们居然偷偷的串联起来意图谋反。
面对多尔衮的愤怒，其他人也纷纷附和并提议将京师内所有的明朝前勋贵一律处死，不过祁充格作为刚被任命的《明史》编撰官却有不同意见。
只见他起身向多尔衮行礼说道“王爷，奴才认为谋反之辈毕竟是少数，不可兴大狱不然的话，其他之人必定兔死狐悲。奴才认为只处死那些确定无误参与谋反的逆贼就可以了。”
多尔衮经过一番发泄之后情绪也逐渐稳定了下来，他本来政治能力就不低被祁充格这么一劝当即也明白了不可牵连过广的原因。说到底还是满洲本部人口太少总共壮丁才六万余人加上蒙古各部以及辽东汉军八旗也不过二十万人，而中国是如此之大这点人口如果不依靠关内汉人根本没法有效统治。
于是多尔衮想了一番之后，说道“谭泰你与苏克萨哈一起前往抓捕这些逆贼以及他们的党羽，其他人不要过多牵连。”
“嗻！奴才遵命！”
永历元年六月也就是顺治四年六月，在满清的京师内一场针对弘光旧臣的抓捕行动开始了，包括常遇春后人襄卫伯常应俊在内，河南总兵李际遇、马儒齐、黄明先、丁启光（丁启睿之弟），副将王士永、夏五岳、贾应逵、骆和萧、刘方侯，参将乔松，游击滕和齐、于起范、弘光朝掌锦衣卫事冯可宗、傅有功，都司马崇臣、卫士龙，守备李豪、张嵩，闲散官丁启睿（原明崇祯朝总督）等人全部被抓获，随后他们的家人以及兄弟等也都被捕入狱。
原来这些人全部都是河南人或者在河南当过官，他们与出身河南的福王也就是后来的弘光帝关系深厚，后来在清军进入河南的时候选择了投靠清军。
但是后来因为不被信任而被软禁在了京师，弘光帝朱由崧被多尔衮卸磨杀驴之后，他们心中惊恐不安开始利用京城之中的著名道士王道士为纽带暗中串联，可是没想到王道士手下的一个小道童贪图富贵就把师父与这些人联络的事情告发，多尔衮这才发现在自己眼皮子底下居然串联了这么多人。
很快这些人便在清军的严刑拷打之下招供，多尔衮当即下令把他们押往菜市口斩首示众以震慑降臣，不过杀戮并不能震慑人心，在距京师不远的山东造反愈演愈烈。
原本山东在大顺军统治之下已经一片太平景象，但是清军入关之后当地的乡绅官员勾结清军颠覆了当地的大顺军政权，随后济王、衡王等明朝藩王纷纷觍颜降清却都被清军处死。
而山东的老百姓却纷纷起来反抗清军的暴政，例如武定府（惠民县）百姓起义连续攻破沾化、阳信、海丰等地，冠县裴守政、刘丝桐起义，高唐州（高唐县）有蔡乃憨、周桂轩、崔三棱等起义，于顺治三年十月攻破州城，夏津县有宋鸭蛋、陈国造、三帽檐子的反清斗争。
用清朝当地官员的话来说就是“逆党数万肆毒于齐鲁之地，陷城劫库，害及道臣，贼势已成燎原矣。”这其中最为有名则是榆园军与谢迁起义。