唐昭宗在朱友伦的护卫之下，经过5天的跋涉回到长安，这已经是第三次出逃归来，打破唐玄宗和唐昭宗的逃跑记录，成为名副其实的逃跑皇帝。不过值得欣慰的是，这次回到长安城看到状况非常好，依然一番平静的景象，城内百姓仍旧安静过日子，主要得益于留在长安城的官员尽责履职，在他困凤翔期间一直在维护秩序，尤其不像之前他哥哥出逃蜀中回来看到的那番惨象，一片狼藉，惨不忍睹。回到皇宫安顿下来之后，朱温和催胤进宫去面见皇帝，唐昭宗对朱温说：“如果没有爱卿前来救驾，朕还不知道漂泊到哪里，爱卿有何请求尽管说。”
二人于是向昭宗上奏，大唐从立国之初一直不许宦官干政，朝廷秩序非常规矩。可是自从唐玄宗之后宦官开始干政，“安史之乱”以后更是愈演愈烈，最后到了尾大不掉的地步。田令孜被清除，杨复恭接着作乱；杨复恭被清除，刘季述作乱；刘季述被清除，韩全诲来作乱，连二接三。当下应该把他们全部彻底清除，以绝后患。唐昭宗早就想这样干，只是苦于自己力量不足，现在既然有人提出而且手中有兵，那就干吧。于是下诏长安城内留下30来个年龄小的太监当杂役，其余太监全部处死，派往藩镇当监军的太监由当地长官处死。朱温将宫内的宦官处死之后，派士兵们在街上四处巡查，凡是已经阉割者全部杀掉，甚至有的男子说话娘声娘气，误以为已经阉割而被错杀。这是历史上清洗宦官比较彻底的一次事件，共斩杀300余人，唐末宦官集团基本被清除。
从凤翔回到长安，对于唐昭宗来说只能是另一个噩梦的开始，朱温的党羽已经遍布京城，实质是逃出虎口，又入狼窝，上到宰相催胤，下到守卫京城的士兵，没有一人属于自己的心腹，个人安危系于朱温手上，昭宗的心中已经开始隐约不安。因为救驾有功，903年2月，唐昭宗下诏封朱温为梁王，这是朱温救驾得到的最大好处，以致到他灭掉唐朝建立政权的时候，就叫梁朝，为区别于之前的朝代，历史上称之为“后梁”，这是后话。
此时唐昭宗或许仍心存幻想，希望不断封赏朱温，让他感激为我所用，其实把希望寄托于他人无疑是最愚蠢的。这种做法并非长久之计，因为随着朱温的权势不断增强，野心和欲望也在不断膨胀，总有一天他再也拿不出能够满足于朱温的赏赐，除非自己皇帝的宝座。其实朱温早就打皇帝宝座的主意，只要有足够的力量，即便昭宗不给他也要硬抢，身处乱世实力就是后盾。
朱温随皇帝的驾车回到长安，他看到众皇子中李裕有些英武，打听之后方才知道，原来唐昭宗被关在少阳宫的时候，刘季述立为监国的人选就是他。于是担心昭宗不会突然传位给他来对抗自己，迟早是一个潜在的威胁，私下对催胤说：“刘季述当初立李裕为监国取代昭宗，应该向陛下上奏把他处死。”其实他是将刀斧柄递交给催胤，得罪人的事不到万不得已尽量不沾边，这也是朱温一贯的伎俩。催胤与朱温联手的目的就是想获取富贵，他当然不敢拒绝，只好向唐昭宗上奏：“当初李裕趁陛下被刘季述关在少阳宫之机，想自立为帝，这是谋反。现在刘季述已死，李裕也不能留，望陛下下诏处置。”
昭宗当然知道是朱温的意思，但经过这些年来的风风雨雨，就连太监都要把自己玩弄于股掌之中，也该反抗了，大不了一死，于是对催胤冷冷地说道：“德王李裕是朕的儿子，这是朕的家事，朕一定会处理好的，不要再干预此事了。”说完一边喝酒一边咬住左手的中指，血流不止，可见昭宗已经愤怒到了极点。这是朱温屠杀皇族亲王的开始，虽然李裕勉强躲过这一次，但是终究难逃厄运。