左良玉大败而归，明军全部人马只得退回房县。罗猴山距离房县只有八十里，明军在那里休息了半天，担心农民军追来，于是又继续后撤，直撤到谷城和襄阳，才驻扎休息。
熊文灿率领明军主力退回襄阳之后，房县、均州、郧阳一带，又成了张献忠的势力范围。罗汝才的人马驻扎在竹山、归州一带，那里虽然安全，但地处大山区，不利于部队的发展壮大。
张献忠则不同，他宁愿担点风险，把重兵放在均州和郧阳府，趁熊文灿被逮捕解京问罪，杨嗣昌还未到襄阳上任之机，大量招兵买马，收集粮草，训练新兵。当时河南灾荒严重，灾民不断来均州投军，而汉水流域是富庶之地，这给张献忠农民军的发展提供了天赐良机。半年以后，张献忠的队伍便发展成一支七万余人，而且很有战斗力的劲旅。
明军惨败的消息传到北京，朝廷大为震惊。崇祯帝下诏：熊文灿革职，逮捕解京问罪；左良玉革职，随军戴罪立功。
为了挽救败局，崇祯十二年（1639）八月二十五日，崇祯帝颁布任命谕旨，起用内阁大学士杨嗣昌为督师，赐给黄金一百两，大红丝衣料四套，斗牛衣一袭，赏功银四万两，银牌一千五百个，明确宣布各省兵马，自总督、巡抚、镇将以下，都归杨嗣昌节制。还赐给杨嗣昌尚方宝剑，便宜行事，以严军威。又在北京平台为杨嗣昌践行，亲自给杨嗣昌斟酒，赐给杨嗣昌亲笔题诗：“盐梅今暂作干城，上将威严细柳营。一扫流氛从此靖，还期教养遂民生。”
崇祯帝多么希望杨嗣昌能够马到成功，力挽狂澜。
杨嗣昌跪颂御诗，且拜且泣。当即表示决心：“誓死杀贼。两年以内，必有以报陛下。不烦南顾之忧。”
杨嗣昌出发前，恳请崇祯帝对熊文灿革职留任，给左良玉授予平贼将军一职，让张克俭担任监军。崇祯帝想了想，正是用人之际，光靠杀头、撤职是不能解决问题的，于是也就答应了杨嗣昌的请求。
十月，杨嗣昌在襄阳举行誓师大会，宣布了崇祯帝对熊文灿左良玉的处理决定。两人知道是杨嗣昌在崇祯帝面前替他们求情，才保住了性命，保住了官职。特别是左良玉，不降反升，所以他们对杨嗣昌感恩戴德，唯命是从，在对农民军的作战中特别卖命。
杨嗣昌绞尽脑汁，想出了一系列计策和措施，在会上提出专剿张献忠的策略。原九营降将，能杀得了张献忠者，才准其就抚；能解散部众回原籍自耕自食者，才准其就抚。在军事部署上，他还精心设计了一个圆盘计划：命令湖广明军从房县、竹山向张献忠的农民军发起进攻，迫使张献忠逃向大宁、大昌，加以包围歼灭；如果张献忠从大宁、大昌下荆州、襄阳，则由杨嗣昌率部阻击；如果张献忠走竹山、紫阳进入陕西，则由左良玉率部阻击；如果张献忠奔四川、走夔门，则由四川巡抚邵捷春拦阻；如果还不能将张献忠消灭，则可利用四川山路狭窄、少数民族较多的特点，北面毁掉栈道，南面扼守云南曲靖，集中兵力由东而西驱赶，迫使张献忠的人马进入川西北少数民族地区，挑起农民军与少数民族的矛盾，用借刀杀人的办法消灭张献忠。
杨嗣昌又利用手中大权，从其它各省抽调人马，组成了一支二十万人的大军，这些措施大大激发了明军将领的积极性，对张献忠造成了很大的威胁。
从罗猴山明军惨败之后算起，整整经过了半年的时间，杨嗣昌的各项工作才准备就绪。崇祯十二年（1639）十一月，杨嗣昌以襄阳为大本营，兵分十路向驻扎在陕西、湖广、四川交界处休整的张献忠农民军展开了空前的围剿。这十路分别是：平贼将军左良玉为一路，秦将贺人龙、李国奇为一路，四川名将张令、总兵罗尚文为一路，楚将张应元、汪云凤为一路，著名女将秦良玉为一路，三边总督郑崇俭为一路，湖广巡抚方孔菸宦罚俏髯鼙钍蓝魑宦罚辖潞榉段宦罚轿髯鼙＜味啊⒙抻褫肺宦贰Ａ硗猓愿苯值橇⒛谖穆柿煊伪床哂ΑＲ耘┟窬到豕埽ù乘欤┪虻迹胺嫒寺泶泛统瞿被摺Ｊ啡寺泶硬煌较虺畔字业挠匮构ィ蚯勒贾匾匕伦≌畔字业奶勇贰Ｒ皇奔洌嫒绾谠蒲钩浅怯荩问破湛涨敖粽拧
李自成在潼关南原中了埋伏后，连他自己在内，仅有十八骑突围。他隐伏商洛山中，悄悄收集失散人马。当时明军正在四处打探他的下落，如果大张旗鼓地召集旧部，就会被明军发觉，全力围剿。如果就此销声匿迹，失散的人马不能集中，又很容易被明军分别吃掉，所以在商洛山中隐藏了半年多，才收集得几百人马。后来到谷城去拜访张献忠，张献忠送给他五百人马和许多甲仗。过了不久，妻子高桂英和大将刘芳亮又带着几百人马回到了身边。李自成才稍稍喘过了一口气。
但是过了不到两个月，也就是崇祯十二年秋天，商洛山区瘟疫流行，李自成和许多将士都先后染病，明军也探知了他们的情况，派出兵马袭击他们。好在商洛山一带，尽是丛山峻岭，险关重重，易守难攻。杨嗣昌只好派兵把守各处要道，不让其逃走，等集中力量消灭了张献忠，才回过头来收拾他。
杨嗣昌是崇祯帝身边最为精明干练的大臣，他出京督师，是崇祯帝在不得已的情况下打出的一张“王牌”。
杨嗣昌认为“射人先射马，擒贼先擒王。”农民军中最强的是张献忠部，如果把张献忠消灭了，其他各支农民军便容易解决。所以他将二十万精兵全部用来围歼张献忠。罗汝才得知明军要来进攻，早将他所联合的九营人马撤到四川境内去了。张献忠却决定先挫败敌人的嚣张气焰，再做撤兵的打算。
杨嗣昌得知罗汝才的人马已进入了四川，立即命令杨世恩率两万人马进驻香柚坪，切断张献忠的退路。对张献忠形成包围态势。
香柚坪虽然不是州县治所，但比普通县城规模还要大，还要热闹。百多年前，这里不过是个普通的场镇，十多家店铺而已。明朝正德年间，鄢本恕、兰廷瑞举起反抗大旗，活动在川陕交界处的大巴山区，朱家王朝为了加强这一带的防务，在香柚坪设总兵大营，驻扎重兵，管辖周围八县的武装力量。总兵处的最高指挥官称“总爷”，各县军事指挥官称“守备”。
香柚坪设总兵大营后，就在场镇的东、南、西三个地方各建了一个练武场。平常每个练武场都有上千名士兵操练，场面非常壮观。
当时还有一个规定，每三年在这里进行一次武考，为朝廷选拔人才。凡遇武考，这里就特别热闹。各县的守备、考生，各地的商人和看热闹的老百姓都云集这里。几百考生考试完毕，少说也要半个月时间，于是那些做生意的商人和当地客栈老板，以及小商小贩们，都要大赚一把。自从这里驻了重兵，那些土匪、盗贼也不敢来这里横行，于是那些有钱人都搬来这里居住。只十几年时间，这里便拉起了好几条大街。后来连赌场、戏院、妓院都开了起来。