在武斗镇的道馆挑战赛中，小智被擅长格斗喜欢冲浪的馆主藤树打败，感受到自己实力明显不足，决定在武斗岛暂时修行一段时间提升提升。没经验的几个人在去找大吾的路上，又被小次郎假扮的老人迷惑，有点无聊的钓了半天的鱼，最后钓起了企图夺走小智一行人宝可梦的火箭队！小智一行人好不容易将火箭队赶跑，但是回过神来却注意到，小遥的刺尾虫与武藏的刺尾虫在混战中弄混了！刺尾虫是小遥第一只自己收服并细心照料的宝可梦，想到自己的刺尾虫被迫与“坏的流脓”的火箭队待在一起，小遥感到非常的不安。忍住盈眶的泪水，小遥拼命奔走寻找火箭队，好不容易找到了对方，天真的小遥还是被武藏再摆了一道，但依旧是有点容易的赶跑了火箭队。
火箭队三人组除了最终结果一直无法达成，“人类欺骗宝鉴”的修著已经有了相当的成就，就是小智他们的功力提升太慢，周围的韭菜已经割了一茬又一茬，小智还是那么“傻白甜”，也许就是他的这种特性，吸引了无数的宝可梦和训练家“前赴后继”。
明龖钓了半天的鱼，肯定是毫无收获，现在不适合再招惹谁了，就是莲叶童子进步不错，虽然对于指令理解还是有点慢半拍，但起码能够接收且执行下来，进化的事情也被压制下来，“厚积薄发”肯定是有道理的，私底下也在跟随“十八罗汉”学习招式，慢慢挑选几个主要技能，后面还有熟练度经得起时间的考验，话说觉醒力量还是恶，恶的有点过分了。
为了再次挑战武斗道馆而继续旅行的小智一行人，正在商讨着大吾的事情而来到了“石之洞窟”，却意外掉入了火箭队所设下的陷阱。但是这时周围的地面发生连锁反应，一行人和火箭队一起掉进的洞穴的更深处；一下子所有人都分散开来，小胜的周围有皮卡丘和喵喵，小智和小次郎在一起，而小遥和武藏凑到了一块，寻找出口的活动分头开始了，至于明龖，他早早的乘着混乱选择去找大吾了。花开两朵，各表一枝，无知无畏的小次郎惹恼了野生的可可多拉群，亡命狂飙开始；大吾和可可多拉听到大动静，开始调查洞窟崩溃的原因，很快就遇到了明龖，不过现在可不是叙旧的时候，他们一起出发继续寻找大家。依靠明龖的超强感知能力，很快就找到了小胜、喵喵和皮卡丘，见面后就得知发生了什么事，大伙也就顺利会合；大吾和他的可可多拉叫停了狂奔的可可多拉群，它们都很快回到洞穴深处。火箭队重操旧业想要抢夺皮卡丘，但联盟大佬可不会对他们客气，大吾的波士可多拉一发破坏光线直接送他们去体验“非一般的感觉”。最后，可可多拉找到一块火之石，大吾和可可多拉也帮忙小智一行人走出石之洞窟，并与小智一行人告别，乘船离去（这是有多怕明龖的节奏）；当然中二的小智发誓要更努力特训，将来要跟大吾对战。
明龖有点不爽了，反正大吾下次肯定是死定了，现在不是联盟冠军，整天找石头还一副忙不过来的样子；有机会对决一定不要给他留面子，最强阵容已经时刻准备好了，就是不知道自己的实力有没有办法干倒大吾，管它呢，少输当赢，要是不小心赢了的话，是可以嘲笑一辈子的。
大吾还是给了小智他们一些指导，大伙也决定在武斗镇附近海湾边露营特训，明龖肯定是度假模式，小智和小胜已经放弃对明龖的鞭策，还有小遥也是有点无可救药都在学明龖；莲叶童子可没用那么幸运，明龖不管它，可还有大姐大，小遥可就羡慕坏了，火稚鸡独挡一面还是遥遥无期，现在小火鸡的精气神已经全面提升，小遥还是做了一些功课，就是她的心思都在华丽大赛这边，关键是她连很多规则都还没有搞清楚，而大家对明龖的无欲无求只能熟视无睹。
小智和宝可梦打成一片的能力无人能及的，这里包括所有的神兽，暂且称之为“人格魅力”，明龖很羡慕就是学不来；小智带着皮卡丘、傲骨燕和木守宫在海边特训，明龖不知道怎么描述，简单概括为“禅”意锻炼，就是很费衣服。小胜也在一旁围观，已经可以很顺手的蹭明龖的资源了，小遥和小胜两姐弟在这种问题上可不会和明龖客气的；明龖肯定无所谓，有时候实在不知道他们真的是怎样提升实力的，还是大家都很客气动不动就喜欢“放水”共同促进。
小智一行人在武斗岛海边架设了帐篷，继续着宝可梦的修行，不过这个时候沙中突然出现了未知生物，袭击了小智一行人；打算捕获它的小智，却因为它强大的力量失败了，而且那个生物，还把帐篷给弄倒了。被搞得十分狼狈的小智，燃起了他捕获未知生物的欲望，他决定在当天晚上要揭开未知生物的神秘面纱；到了晚上，小智一行人想要用食物引诱它出现，却被它从背后击飞，到了次日夜晚，它袭击了掉入小智和明龖制作的陷阱的火箭队，并首次在小智等人露出自己的真面目—龙虾小兵。之后就又是收服戏码（存在感强的宝可梦，只要不是太强而且年纪轻轻的，基本都要和主角团队有很大的瓜葛，躲都躲不掉干脆直接送上门去），它同小智的皮卡丘和木守宫进行了对战（依旧有点不讲武德），野生宝可梦就是这样比较薄弱没有后勤保障，随随便便就要“束手就擒”，龙虾小兵最终还是被小智收服。
龙虾小兵的设计原型绝对是前世畅销华夏大地的小龙虾，它原本是生活在国外的宝可梦，后被当做宠物带回国并回归了野性，由于生命力强大，所以数量不断增长；会用锋利的钳子捕捉猎物，不挑食，所以什么都吃，住在脏水里也无所谓的宝可梦；一旦被它的大钳子给夹到的猎物，不管发生什么事都绝不会放掉，无论在什么场所都很有精神。龙虾小兵的进化型是铁螯龙虾，它可就更加蛮横，非常好战，经常主动挑起纷争，会把所有在自己的地盘上的宝可梦全部丢出去；同样是海洋队很喜欢的宝可梦，脾气暴躁，铁螯龙虾住的池塘里不会有其他生物居住，会变成一个寂寞的地方；刚蜕完皮时的甲壳是软的，在甲壳变硬之前，为了躲避敌人的攻击会藏身在水底的洞穴中，十分喜爱战斗的粗暴的宝可梦，身经百战磨练的铁螯龙虾，拥有留下数道伤痕的巨大钳子。进化就比较像大龙虾了，但个性还是小龙虾的味道（明龖倒是真的很想尝尝他俩的味道），小智的这只不止脾气大，力气也是很夸张，蛮横起来也是非常难搞。
加入了新的伙伴“无赖宝可梦”龙虾小兵，小智一行人持续着在武斗岛的旅行和训练；在与火箭队的又一次对战中（这边小遥和武藏的刺毛虫都进化成了，就是小遥的是甲壳茧应该还是狩猎凤蝶序列，武藏则是盾甲茧就只能是毒粉蛾了），龙虾小兵却发烧了（这个要怪它乱吃东西）。龙虾小兵需要回到精灵球里，但精灵球被小智放在了露营的地方，于是小智决定直接带着它到宝可梦中心请求治疗；小智背起龙虾小兵奔跑，然而想要到达武斗镇的宝可梦中心就必须经过一条没有桥（有桥刚好断了）的河，而且这条河里还居住了很多“野蛮宝可梦”利牙鱼（巨牙鲨就是由它们进化而来）。河中的利牙鱼对小智发起了攻击，“垂死病中惊坐起”龙虾小兵使用泡沫光线击退了它们，终于是来到了宝可梦中心，肯定是没什么大碍的情形。
之后，小遥和小胜被火箭队引诱在营地附近的海边被关进了笼子，不过三人组也很有义气的“陪同”一起，在海水涨潮漫过几人头顶之前，小智及时赶到并让龙虾小兵用蟹钳锤打碎了笼子（再不回来，已经看了半天戏的明龖就不得不要出手了，明龖也是被催的厉害）。他们两姐弟还是表现出了很强的意志品质，就是火箭队还是一如既往的“忘恩负义”，今天就让龙虾小兵成全了他们；龙虾同学也算是正式得到了大家的认可，不过它依旧顽皮的过分。
说回那个憨批利牙鱼，它们居住在雨林的河流中，发现侵入自己领土的家伙时会包围起来一起发起攻击，会集体袭击船只使船沉没，虽然被称为非常凶暴的宝可梦，不过一旦剩下一只时就会马上逃掉（苟起来就是纸老虎）；原型肯定是食人鱼，就是从食人鱼变成“食人鲨”有点牵强，好像水域还不太一样，作为玩家总是在找游戏的“茬”，如果不找也就不爱了。
还有虫系的优势，速成比较快，就是后期不够强势，不过“虫之王者”火神蛾的出现改变了一些东西，不过火神蛾不速成的（还是了不起的59级才进化）；对于虫系整体的改观实在有限，回到之前的问题，打架可能不行，但在华丽大赛的对决中优势就很明显了。