离开凯那市的小智等人向着紫堇市一路前行，来到山路旁的宝可梦中心，但是里面却一个人也没有，最后发现一个房间一片凌乱，地板上还有残余的催眠粉；小智和大伙觉得出事了，赶快查看监视器的录像回放，出乎意料的看到“邪恶”宝可梦—狡猾天狗将乔伊小姐掳走的画面，但小胜也发现了一个可疑的地方，正常的狡猾天狗是不会催眠粉招式的。一行人为了救出乔伊小姐，赶往狡猾天狗居住的森林深处的大树，可是一路上却遇到很多草属性宝可梦们的阻挠；其中就有橡实果和走路草，也很好的解释了催眠粉的来源。之后还出现了很多的长鼻叶继续阻挡，虽然对明龖一行人造成了一些阻碍，但都被大家的宝可梦克服了；最后“大BOSS”狡猾天狗也出现了，小智让皮卡丘继续带领其他人去解救乔伊小姐，自己留下来对抗狡猾天狗。
小智的木守宫拼尽全力勉强和这个大头领五五开；好在火箭队及时出现，冗长的开场白，直接激怒了狡猾天狗，被一招空气利刃直接轰飞，今天是真正的打酱油出场。回过头来，狡猾天狗选择速战速决，木守宫为了躲避再次发出的空气利刃，跃到空出成了种子机关枪的活靶子，还好乔伊小姐及时出现，制止的没有意义的争斗。其实乔伊小姐在大树中醒来，虽然很害怕，但就注意到旁边有一只睡着在发高烧的长鼻叶；皮卡丘带着大家突破重重障碍，来到大树顶部的树洞，也很快就发现了事实的真相。小智发现误会解除，也主队承担了和狡猾天狗前往宝可梦中心取药的任务；最终在所有人的共同努力下，生病的长鼻叶逐渐退烧转危为安。
狡猾天狗过去被敬畏为森林之神的宝可梦，有着读取对手想法并抢先一步行动的能力；和已经是顶级水准的野生宝可梦对战，今天的木守宫收获满满，接受一场失败，换来更多的成长机会，除了皮卡丘，木守宫是最值得信任的，狡猾天狗在战斗时使用了种子机关枪，成为木守宫学习种子机关枪的契机，这个招式正常木守宫也是可以学会的，看几次就会也是沾了小智的“光”。
很多的族群领袖都会为了守护族群付出很多，这是首领的责任和义务，在人迹罕至的地方，自然规则更加的严苛，对抗“物竞天择”的最前线就是它们；其实人类也是有这样的族群发展而来，不过我们得到了上天的偏爱，整体都有着“高人一等”的思考学习能力。
以紫堇市为目的地而继续前进的小智一行人，在浓雾的山路中行走着，听说山中有个村子，在那里，有着被当成路标的灯塔，奇怪的在于今天这个灯塔没有亮，明龖他们也被困在了山里。原来村字里的少年和智在守护灯塔时被火箭队袭击，火箭队抢走了灯塔的“光之石”（也叫奇克尔石，受到电系精灵的电击时会发出穿透力很强的光，以此为路人指引方向）并将和智绑了起来。和智在被姐姐奈奈救下后，便同她一起跑出来寻找“光之石”。小智一行人“幸运”的遇到并击败了火箭队（还是电光一闪加十万伏特的配方），捡到了他们遗落的“光之石”，而奈奈看到“光之石”在小智等人手中便不由分说认为他们是强盗并发动的攻击。奈奈的小磁怪很快被小智的皮卡丘击败，奈奈让和智也加入战斗，和智说自己从来没有战斗过，奈奈便让他在一旁“支援”，于是和智便让他的正电拍拍和负电拍拍对着小磁怪使用帮助，小磁怪恢复了精神再次攻击小智等人。
之后，当小智有点呆的要将“光之石”还给两人时，火箭队三人组再次出现，这时和智（这个更呆）才告诉奈奈偷走“光之石”的人其实是火箭队。小智让皮卡丘用百试不爽的十万伏特打飞火箭队后，他们就跟着和智和奈奈来到灯塔，知道了“光之石”对于他们的重要性，小智在灯塔上从包里拿出干了的外套（其实就是蓝色衣服，和智过于中二了一点，和智一开始非常软弱，他是有点不敢战斗，也不相信自己可以培育好正电拍拍和负电拍拍），却因此被和智认为是当年赐予“光之石”的勇者，并被和智带往了他居住的村子。
和智跟着小智一同进行练习，希望可以学会宝可梦战斗的技巧，小智也爽快的答应了，他告诉和智，首先必须了解自己的宝可梦，并且相信它们，还有一堆热血中二的口号，他俩嗨的不行，旁边的明龖几个和奈奈尴尬的一批。这时天空开始起雾，奈奈连忙前往灯塔，和智在“撒了鸡血”的小智的提议下也一起跟了过去；不过火箭队再次袭击灯塔（这次是个闪电鸟样式的飞行器），他们抢走了“光之石”和皮卡丘(奈奈的小磁怪还被他们给嫌弃了一波)。和智认为是自己没有一起战斗的缘故才导致火箭队的阴谋得逞，他因此非常自责，而小智则告诉和智自己并不是什么勇者大人，作为宝可梦训练家要真正相信自己的宝可梦。后来，由于皮卡丘听见了小智的话语一直让“光之石”发出光芒，小智等人成功找到藏在森林深处的火箭队；和智告诉小智他决定相信自己的宝可梦，便让正电拍拍和负电拍拍使出电磁炮，也对皮卡丘进行了充能，皮卡丘在两只宝可梦的帮助下恢复了精神，使出了打雷击落了火箭队的飞行器，最后由正电拍拍和负电拍拍使用电光组合技，将火箭队第三次轰飞，这回多次出场是为了补偿上次的草草了事。
和智也终于重拾成为宝可梦训练家的信心，并决定以小智为目标一直努力（师徒关系什么的就过于儿戏了）；奈奈作为灯塔的守护者非常尽忠职守，当天空开始起雾时她会立即前往灯塔让“光之石”发出光芒，她也非常关心自己的弟弟和智，当她看到和智打起精神时她会非常欣慰，会在和智有所进步时夸奖他，有这样的姐姐是和智最大的幸福。
正电拍拍有点像一只小兔子，它的身体主要是淡黄色，耳朵、尾巴和手的前端是红色；它的脸颊上有两个红色的圆形电气囊，上面各有一个淡黄色的正号，它的尾巴是正号的形状。能让双手释放的电流短路，以此产生加油用的火花彩球；和负电拍拍放出的电流有促进血液流动，缓解酸痛的功效，同时沐浴血液循环会改善而变得更有活力。有为伙伴加油的习惯，伙伴加油努力的话会通过身体短路产生的噼里啪啦的火花声来表达喜悦，如果伙伴输了则会放声大哭。
负电拍拍也有点像一只小兔子，它的身体主要还是淡黄色的，就是耳朵、手的前端和尾巴是蓝色的，脸颊上有两个蓝色的圆形电气囊，上面各有一个淡黄色的负号，它的尾巴则是负号的形状。会通过让体内发出的电流短路，一边放出华丽的火花，一边给伙伴加油，和正电拍拍放出的电流有促进血液流动，缓解酸痛的功效，同时沐浴血液循环会改善而变得更有活力。视同伴比自己还要重要，会一边迸出火花一边替同伴加油，习性和正电拍拍几乎一模一样。
这两个宝可梦基本上都是一起出场的，很多人都以为他们就是一对，就像尼多王和尼多后一样，事实上并不是，它们是两种宝可梦，只是关系极为亲密的大族群，不过宝可梦之间没有“生殖隔离”，很多物种的界限其实非常的小，这也是宝可梦被认为是一个物种的原因。
说到生殖隔离，除了未发现蛋群里的宝可梦，加上“无敌”的百变怪，很大的东西都是可能的；几乎所有宝可梦都可以进行繁殖，完全进化的，或者经过幼年型态的宝可梦可以和相同蛋群的宝可梦生蛋，没有性别的宝可梦也可以和百变怪生蛋；除了玛纳霏和霏欧纳之外，幼年型态的宝可梦以及传说中的宝可梦不可以生蛋。和现实世界的生物一样，许多宝可梦有性别之分，有些宝可梦可以通过性别差异来分辨；通常训练家的宝可梦一般在宝可梦饲育屋中生蛋，宝可梦繁殖的方式并不为人所知，也不为人所见，反正生蛋是个永远爬不出来的大坑。
明龖是真的不敢碰，宝可梦世界可没有“保存和读取”，对于很多新生命是非常不公平的，关于种族延续的问题，只能顺其自然；对于各种各样宝可梦的蛋，除了无法拒绝的，明龖都会敬而远之，自己已经不能保证更多的东西了。还好明龖的宝可梦都是足够的独立和自律，其实很多都是经历了明龖长时间的陪伴，现在也是小有成果不再是一个幼生状态；现在也就莲叶童子和水跃鱼还小，需要好好的呵护培养一下，不过有那么多前辈，成长起来应该也会很快的。