错过了直达绿岭市船的明龖一行人，小智和小遥一直都在互相抱怨，但大家不得不上了开往邦巴岛的船。来到邦巴岛的一行人在码头看到了三只关都最初的伙伴的进化型和它们的主人吉米，他是岛上的宝可梦裁判学校的学员，被得知即将前往绿岭道馆进行道馆挑战，小智被邀请给学生上堂课（工具人的委婉表达）。小智与明龖进行了一场双打比赛，吉米似乎还不能很好的执行裁判的工作，比赛没什么好说的，明龖可不愿意输给小智。
邦巴岛位于水静市和绿岭市之间的海域，以山地为主，岛屿中间有一座山，岛上大部分被树木覆盖，最最重要的设施是宝可梦裁判学校。在担任裁判的过程中，吉米屡屡犯错，学校的老师莎莉娜告诉吉米他的判定下得太过仓促，给予了他一定的指导，然后她又指出了吉米缺乏自信的问题，吉米这种很像待唤醒的“沉睡者”。
莎莉娜一开始正在训练她的学生们，当吉米将她要求的东西搬运过来后，她见到了小智一行人并请求他们帮助她上课；在征得小智他们的同意后，她告诉她的学生们下午的课程将在小智和明龖的支援下给他们安排做双打对战的裁判练习，并让吉米第一个担任裁判。不过吉米还是很不自信，更主要的在于他好像没有全身心的投入其中。
当晚，吉米同和小智一行人进行了聊天，莎莉娜突然加入了他们的谈话并指出吉米有一颗超级一流的心；这时，火箭队出现并捉走了吉米的宝可梦，吉米想要救出他的宝可梦，但他失败了，吉米感到气馁，莎莉娜便出面鼓励吉米并让他不要放弃。在吉米成功救出了他的宝可梦后，莎莉娜告诉吉米他的卡咪龟是因为被他努力的样子感动而进化成水箭龟的（有点像成功学大师的套路）。随后，她强迫吉米从宝可梦裁判学校退学，因为她认为吉米还有很多的可能性，并且她希望吉米可以将他的宝可梦的能力进一步开发出来；次日，莎莉娜同离开宝可梦裁判学校的小智一行人进行了道别，而吉米将会去到水静市重新开始。
莎莉娜能够一针见血地指出她的学生问题，但也可以发现学生身上的闪光点，她会在必要的时候鼓励她的学生，她同样不愿意限制自己学生的未来。而吉米也是有“光环”闪烁的“帅小伙”，卡咪龟是他的最初伙伴，妙蛙草心怀感恩选择加入，火恐龙来自莫名其妙的“黄金”鲤鱼王强制交换，和小智同学有的一拼，就看今后的发展。
裁判是宝可梦联盟的一种职位，负责在宝可梦对战中讲解和执行比赛规则、维护比赛秩序、宣判比赛结果，他们的衬衫上通常都会有一个精灵球样式标志。裁判一般会出现在宝可梦联盟大会的赛场上以及一些以对战为主题的活动中，他们的职责在于在比赛开始之前郑重的宣读这场对战的规则，比如双方训练家可以使用的宝可梦数量，以及训练家是否能在对战中替换上场的宝可梦等；以及比赛时判断一只宝可梦是否失去战斗能力并宣布胜方。
裁判必需清楚地向参加比赛的训练家说清楚比赛的限制，裁判同时也该说明赢得胜利的条件，一般情况下另一方的宝可梦全部失去战斗能力时，该训练家就算赢得胜利。在和道馆馆主或是对战开拓区对战设施的开拓头脑对战时，也会有一名裁判来裁决比赛的胜负，通常这类情况下，裁判大都是学生、实习生以及道馆馆主或是开拓头脑的助理、徒弟或是亲朋好友；有时，对战的裁判也会由一些高级机器人来担任，除此之外，宝可梦世界锦标赛的一般级赛是由空拍洛托姆来担任裁判的（就是无人机形态的洛托姆）。
裁判做出的裁定大多数是官方有效的，并且决定了对战的胜负；有些时候道馆几乎都是没有裁判的，所以这些没有裁判的道馆的对战赛胜负都是由道馆馆主来自行自我裁定，公平公正公开的问题不用担心，可以成为道馆馆主的人品是绝对OK的。
裁判被要求从多方面评估对战比赛，包括宝可梦、训练家和比赛本身，他们必须能够精确地识别出宝可梦会在何种情况下失去战斗能力，并通过确认其中一方宝可梦的战败来宣布获胜者。这需要他们充分了解各种宝可梦，包括它们的种类、习性等各种特征，裁判的裁决通常是绝对的，因此裁判能否做出正确的判断对最终宣布比赛结果至关重要，一个失误就可能会导致观众和训练家对裁判的能力产生质疑，尤其是在正规比赛中。根据莎莉娜的说法，一名裁判必须要有足够的自信，相信自己做出的判断是正确的，否则就会留下犯错的空间；其实这也从来不是一个好差事，明龖来自竞技体育蓬勃发展的时空，对此就深有体会，信息爆炸的年代稍有不慎就会引来各种各样的“喷子”。
也让明龖想起了一个人，一个号称为公正而生的家伙—蜻蜓队长，他的口头禅是：第一，绝对不意气用事；第二，绝对不漏判任何一件坏事；第三，绝对裁判得公正漂亮。裁判机器人蜻蜓队长前来觐见！只要世界上有比赛，他就会出现（令人怀念的中二热血）。
在前往下一个岛屿的船上，小智一行人遇到曾经见过面的跳跳猪。跳跳猪一不小心又把头顶的珍珠弄丢了，而且还是掉进了海中。小智和明龖派出水属性宝可梦去寻找珍珠，可是怎么也找不到。他们不得不在瑞弗勒岛停了下来，就在他们苦恼的时候，一名叫做伊崎的珍珠贝研究员告诉他们可以用珍珠贝的珍珠代替跳跳猪的珍珠。
瑞弗勒岛也是位于水静市和绿岭市之间，不过是在邦巴岛的后面，由于这里盛产珍珠贝，所以又被称作珍珠贝之岛。岛上珍珠贝的研究所位于岛屿悬崖上的建筑物里，里面有着一座人工湖，里面生存着许多的珍珠贝，在旁边的展览柜里还有一颗蓝色的珍珠贝，变色过程无人知晓，明龖也是搞不懂，异色的珍珠贝珍珠应该是黄色的。
珍珠贝有粉红色的本体，周围围着蓝色的类似用来保护的东西，会利用它的壳来夹住猎物，让猎物无法逃走，进化时所产生的珍珠据说拥有不可思议的力量。自身的进化又和两个道具深海之牙以及神话鳞片有不小的关系，单独携带也是会有加成。
如此特别的大珍珠肯定是会被火箭队看上的，跳跳猪也是很期待，因此跳跳猪用精神强念在火箭队的面前拿走了蓝珍珠，接着，由于跳跳猪跌倒，蓝珍珠和一只珍珠贝里的粉色珍珠掉包了。小智他们来到了珍珠贝的所在地——盐水浴场那里找到了珍珠贝，跳跳猪也愿意交换，但这时，火箭队突然冲出来，抢走了珍珠贝。不过珍珠贝不愿意打开贝壳，火箭队绞尽脑汁也无法打开，这时侦查中的小智的大王燕发现了他们，小智一行人也赶到，在跳跳猪的协助下赶走了火箭队，之后，蓝珍珠物归原主，伊崎的研究也可以继续下去，而珍珠贝也愿意把珍珠送给跳跳猪，好人更容易获得皆大欢喜的结局。
跳跳猪与珍珠贝的关系，在图鉴信息明确写着跳跳猪头上顶着珍珠贝的珍珠，而珍珠贝的图鉴上则写着其一生只能制作一颗珍珠，也就是说跳跳猪的珍珠如果真的来自于珍珠贝的话，跳跳猪和珍珠贝应该存在某种特殊的关系；而跳跳猪是否在得到珍珠过程中都需要找到珍珠贝也值得疑问（也是存在一些死亡个体），而这一边很可能就是因为跳跳猪想要找到新的更大的珍珠，所以小智一行人才会看到它在海里漂流—因为珍珠贝都栖息在海里。不过珍珠贝和跳跳猪明显无法形成共生合作关系（跳跳猪不会给珍珠贝带来好处），所以珍珠贝为何会心甘情愿把珍珠让给跳跳猪，算是一个需要好好研究的迷。
不可思议的宝可梦，它们之间的关系同样非常的不可思议；呆呆兽与大舌贝最为出名，它俩凑到一起是进化还是共生，不过它们可以退化是个事实。呆呆兽的进化方式不同于大多数精灵：大舌贝咬住呆呆兽的尾巴，便能让它进化；当呆呆兽把尾巴放到水里，不凑巧钓上一只大舌贝的时候，那恭喜，它进化了。进化成呆河马后，大舌贝会变成一种全新的生物，本以为是大舌贝的分支进化，然而并没有出现在图鉴上；其实这种“形态”的大舌贝还是挺细思极恐的，附着到其他生物后，样貌特征全变了，但是在宝可梦的世界中，大家都觉得还算合理。宝可梦学术权威西野森博士曾经专门研究过呆呆兽和大舌贝的关系，也没能指出大舌贝“变化”的原因，很多的小奇妙印证不可思议的宝可梦世界。