明龖一行人乘船途径瓦滋瓦岛，看见一名叫草也的男子拿着“宝物”从海里冒出来，这是纪念品店的老板草也又一次在海中捞到了好的东西；老板向小智几人讲述了沉船的传说以及古空棘鱼与宝藏的传闻，这让大伙儿对寻宝充满了好奇。第二天，草也决定带着小智一行人乘潜水艇下海寻宝，首先他们要先找到一条古空棘鱼，不过他们的潜水艇实在高级。
瓦滋瓦岛还是位于水静市和绿岭市之间，小智一行人经过这里，这里是有名的度假胜地，有着美丽的大海，蔚蓝的天空和柔软的沙滩，草也和他的妻子莉桃在这里开有一家海产店。传言在一百年前，一艘巨大的货轮遇到暴风雨在这里沉船，船上的船员所幸逃出，后来一直没有找到船的遗骸，里面有着大量的财宝，但眼下还是没有人能找到。
草也在附近潜水时看见了古空棘鱼带着宝藏，于是决定探索深海来寻宝，小智一行人也加入其中，虽然宝藏中途被火箭队夺走，不过在莉桃的搜索和空古刺鱼的帮助下，又把宝藏夺了回来；可是打开后才发现这并不是真正的宝藏，那就是一些绿色的装饰碎片，毕竟每个时代的价值都在变化，但是草也表示会继续寻找下去，其实过程才是最重要的。
古空棘鱼明龖他们上次又遇到，是一种身上有著地图般的斑纹的大鱼，头部是浅棕色的。它深棕色的身体上有分布浅棕色的花纹以及一个大红点，能利用胸鳍在海底里行走。图鉴中提及的牙齿退化吸食微生物的习性，以及坚硬脑袋的特性和凸起的鳃，这些特征基于骨甲鱼。大多数学者认为骨甲鱼和有颌类（就是现在大半部分的鱼类）更接近，两者共享偶鳍、周软骨骨化、明显发达的前庭腔等很难平行演化的特征，也就是活化石一类的。
历史和海洋，两者都给人深邃而神秘的感觉，而当历史沉没于海洋之中的时候，更加带给人们无限的遐想。在人类文明的发展史上，浩瀚的海洋，曾带给人们机遇也带来挑战，提供便利也造成困难，人们在历史的长河与广袤无垠、风云变幻的海洋共处，谱写出一幕幕或悲或喜的篇章。海底宝藏，有价值、古老的海盗船、藏宝船沉没海底，或外交贸易船沉没海底，这些都统一称做“海底宝藏”。这些宝藏的价值可以说单方面的体现，不限于单纯的经济价值，还包括了历史研究乃至科研认证，一直都吸引了很多的人前赴后继。
小智他们的旅程继续，下一个来到伊吕波三岛。一行人先到了伊岛上的宝可梦中心，意外地遇见了小田卷博士。原来他是来调查珍珠贝为何在特定岛上，只会进化成猎斑鱼或樱花鱼的谜题。根据博士的研究，解开进化秘密的关键，在于“深海之牙”与“深海鳞片”上头；小智等人为了解开海底谜题，与波岛上的少女奈美子和吕岛上的少男菊间一起前往古老传说中的洞窟，珍珠贝在附近应该是有一个很大的族群。
这三座小岛上都有一块奇形怪状的巨石，形状分别像イ、ロ、ハ，因此，才被命名为伊岛、吕岛、波岛。在伊岛上有宝可梦中心，在波岛和吕岛上只有传送装置，将得了重病的宝可梦传送过来。这附近的海域里生存着许多珍珠贝，在波岛只会进化成猎斑鱼，在吕岛只会进化成樱花鱼；因此两岛争吵不断，关系也不是很和睦，但总有人打破平衡。
在伊岛的宝可梦中心非常的大，还包含了一所学校，在宝可梦中心的后面是一座游泳池，小田卷博士就在这里进行研究。波岛和吕岛都有一个洞穴，洞穴里的水流中都含有深海鳞片和深海之牙的成分，这使珍珠贝在山洞里就会进化。奈美子是一个住在波之岛的小女孩，相对于波之岛居民普遍偏爱的猎斑鱼，她更喜欢樱花鱼。菊间是一个住在吕之岛的小男孩，相对于吕之岛居民普遍偏爱的樱花鱼，他更喜欢猎斑鱼。他俩就是注定的对手和破局者（剧情需要的天平两端），奈美子的樱花鱼是珍珠贝使用在吕之岛找到的深海鳞片进化来的，虽然奈美子所在的波之岛的人们偏爱猎斑鱼，但奈美子认为樱花鱼更漂亮并让珍珠贝进化为樱花鱼。菊间的猎斑鱼是珍珠贝使用在波之岛找到的深海之牙进化来的，虽然菊间所在的吕之岛的人们偏爱樱花鱼，但菊间认为猎斑鱼更帅气并让珍珠贝进化为猎斑鱼。
火箭队突然来袭并抓住了奈美子的樱花鱼和菊间的猎斑鱼，在两只宝可梦被小智的森林蜥蜴救下后，两位小训练家决定齐心协力，最终一起打飞了火箭队。之后，菊间和奈美子结束对手关系重归于好，并一起和小智一行人告别。在菊间将猎斑鱼带回吕岛，奈美子将樱花鱼带回波岛后，两岛开始和睦相处，并开始交换宝可梦，必然的皆大欢喜。
樱花鱼看起来像一只粉色的鳗鱼状生物，有细长的嘴，两个贝壳状物覆盖在它的胸部，使它看起来像美人鱼；樱花鱼也有一个鳍，尖端是紫色的，触角状，在它的头顶，一个类似的，但更短的鳍在尾部，两根小小的睫毛在每只眼睛上方，樱花鱼的尾巴有两条亮色条纹，环绕着紫色的鳍。樱花鱼住在海下深处，并且它可以承受水下深处巨大的水压；樱花鱼是杂食性的，并且它的主食为岩石之间的海藻。它会用针状的嘴戳它的猎物，并且接着挤出它内部的液体。尽管它有着美丽而优雅的外表，樱花鱼在捕猎和战斗时也会变得十分残忍，毫不犹豫地用尖锐的长嘴戳猎物并使它投降。樱花鱼的身体耐久性极好，可以承受非常大的水压在深海，这解释它的高防御；它用细长的嘴从小孔里取食，当它在追击猎物时，它的嘴也可以作为强力的长枪状的武器，当它捕食猎物后或到了春天海水温度上升时，它的亮粉色身体会变得鲜艳，是个比较讨女孩子喜欢的方向。
猎斑鱼的身体像一条蛇，背上长有橙色的半圆形鱼鳍，在下巴处也长有同样的鱼鳍，头顶上则有一片更大的扇形鱼鳍。它的身上有很多橙色环状的白斑点，眼睛周围也有；它长着一张大嘴，嘴里有锋利的牙齿，它的尾巴就像一条小鱼的头部，用来吸引猎物，当猎物靠近时便用大嘴将猎物一口吞下，根据传说，要是猎斑鱼被冲上岸，就会有不详的事发生。猎斑鱼栖息在连光都到达不了的深海之中，肉食性，它的尾巴会发出光芒，用来吸引猎物，以好奇的海洋宝可梦为食。猎斑鱼有着坚固的脊椎，让它能够适应深海的水压，长着即使在深海中也能看清周围环境的眼睛，这个方向就要丑了不少。
诸岛之旅还未结束，明龖一行人来到刚迦岛。为了到达岛另一边的码头以便乘船前往绿岭市，他们朝着码头的方向出发。在途中，小智等人遇到了一群为了获得战斗的胜利，努力肌肉锻练的人，并被热情的“邀请”一起练习，同时参加的还有火箭队。
刚迦岛肯定位于水静市和绿岭市之间，是离绿岭市最近的一个岛屿，小智一行人经过这里；这座岛上有直达绿岭市的联络船，但位于岛屿的另一边，要到港口需要穿过一片森林。这座岛上的人很喜欢做运动来锻炼肌肉，利用这点可以使训练家在宝可梦对战中得到升华，肌肉同样值得信赖。这里有着各式各样的锻炼用具，明龖一行人要在这里进行锻炼，小胜和向尾喵、小遥和妙蛙种子以及明龖和莲帽小童一起共同训练。
而小智和自称岛上最强的训练家岩清水在海边进行无人旁观的一对一双打比赛，小智用皮卡丘和森林蜥蜴对抗岩清水的帝牙海狮和沼王，岩清水的自负让小智愤怒（是小智的蹩脚表现给了对手自负的理由），终于打败了岩清水（超神超鬼无法描述）。但最后小遥、小胜、明龖和火箭队都因坚持不了而逃离了锻炼，找到了获胜的小智；岩清水也选择开始宝可梦训练家的修行，火箭队同样回归自我，一成不变的毫无收获，不过又是一个开始。
常年健身的人通常都一身肌肉，看上去非常有力量感，于是有不少人喜欢把健身的人和练格斗的人进行比较，看谁的实战能力更强。毫无疑问，在体重相差不是非常悬殊的情况下，健身的人是很难战胜练格斗的人的，原因是区分健身者和格斗练习者最主要的因素就是格斗技术。就是具有攻击、防御和闪躲的技法就是格斗术，格斗是一项古老的技能，说它是技能，是因为它的目的和绝大多数运动的宗旨相左；不管格斗有多少种功效，健身也好，防身也好，它的根本目的，就是最快、最狠、最有效地击毙对手。健身更像是一种运动，作为辅助健康的一种手段，宝可梦世界这两类人都是不少。