超古代宝可梦是三只传说宝可梦盖欧卡、固拉多和烈空座的统称，盖欧卡和固拉多分别是海洋和陆地的创造者，拥有扩张海洋或陆地的能力，因此它们在超古代的时候进行了多次争斗。在盖欧卡和固拉多互相战斗时，烈空坐就会出现制止它们，几千年前的超古代之时，世界充满了自然的能量，原始固拉多和原始盖欧卡为了争夺自然的能量进行了旷日持久的战斗。面对两只超古代宝可梦的强大力量，当时的人民束手无策，这时候烈空坐降临了，它使出力量镇压了两只原始宝可梦，让它们进入了沉眠之中，世界恢复了和平。
过了一千年后，一枚陨石落在了琉璃市所在的地方，击穿了地壳，自然的能量从裂缝中涌现，固拉多和盖欧卡苏醒并再次争斗。流星之民们回想起以前烈空坐平息战斗的情景，于是向流星瀑布的七彩陨石祈祷，希望烈空坐再次降临。祈祷的力量通过七彩陨石传达给了烈空坐，让它进行了首次超级进化，将固拉多和盖欧卡再次打败使它们沉眠后，烈空坐也回归了天空。之后，流星之民建造了天空之柱来召唤龙神大人烈空坐，流星之民在天空之柱的壁画上预示了流星在千年和平之后将会再次光临，在陨石撞击之前必须要再次召唤烈空坐，这就是丰缘地区传说宝可梦的不断轮回和无法剪断的牵绊。
盖欧卡被古人称为“海洋的化身”，相传拥有扩大海洋面积的能力，靛蓝色宝珠能够让盖欧卡从沉睡中苏醒，并将其操控。固拉多被古人称为“大地的化身”，相传拥有扩大陆地面积的能力，朱红色宝珠则能够让固拉多从沉睡中苏醒，并将其操控。数千年前，为了争夺丰缘地区的自然能量，固拉多和盖欧卡展开了激烈战斗，当时的情景以及固拉多和盖欧卡两只宝可梦的形象被绘制在石之洞窟的壁画上。
固拉多盖欧卡两位自诞生以来就一直持续争端，两位数千年以来打了很多次，盖欧卡的胜率要比固拉多高一些，毕竟水克地，而且海洋占据了星球表面更多的面积。二者虽然纷争不断，但每次互掐都是星球生态环境中正常的地理现象。现实中的沧海桑田被演绎成两只神兽的战争无可厚非，只不过最近的这一次略有不同，由于出现了熔岩团和水舰队两股人类势力充当战争的助燃剂，使得现代的这次互掐规模空前绝后。
明龖一行人搭船前往绿岭市的旅行途中，小智的皮卡丘差点被火箭队抢走，战斗中，皮卡丘的电击绝招引起了爆炸，导致小智等人与火箭队都被弹飞到海中。这时熔岩队的潜水舰突然出现，将小智等人抓起来。原来，想利用超古代宝可梦固拉多的力量征服世界的他们，已经发现了靛蓝色宝珠，并控制了盖欧卡；可是，想利用盖欧卡的海洋队却拥有了朱红色宝珠和固拉多，因此，这两个犯罪集团决定在梦斯岛上将固拉多和盖欧卡互换。
在赤焰松向小智一行人讲述熔岩队的目的时，海洋队干部泉偷偷潜入了熔岩队的船内，并释放出了盖欧卡，引起了船舱的剧烈摇晃，在混乱中获得蓝色之珠的皮卡丘，突然与它融为一体（最强皮卡丘即将登场）。受到水梧桐的红色之珠控制的盖欧卡随即破坏了熔岩队的船（明龖也是看得一愣一愣的，红色之珠控制的不应该是固拉多吗？），尽管明龖、小遥和小胜被阿渡的暴鲤龙救下，小智和皮卡丘却依然被熔岩队一同带走。
在梦斯岛边，火箭队三人组为了抓走盖欧卡而破坏了它的货柜，结果却弄巧成拙，将它直接释放了出来。顿时，梦斯岛上阴云密布，而被蓝色之珠控制的皮卡丘也变得愈加暴躁起来，它来到另一个货柜也让让固拉多清醒。另一方面，掌握红色之珠的水梧桐也融合宝珠，盖欧卡和固拉多发生了大战，这一次好像和千年一次的对抗不太一样，“咒印”皮卡丘和固拉多战胜了被控制的盖欧卡，红色宝珠从水梧桐体内析出，皮卡丘的蓝色宝珠同样离开了它，朱红色宝珠和靛蓝色宝珠发生碰撞双双被破坏。
这次不需要裂空座的出场，两个老对头就像在熟睡中被惊扰，稍稍释放威压完成“会晤”，很快各自选择离开。阿渡作为一名宝可梦搜查官，为了调查熔岩队和海洋队的阴谋，伪装成熔岩队手下混进熔岩队的潜艇，与同样潜伏进熔岩队的海洋队干部泉对峙，泉怀疑他并不是真正的熔岩队手下。之后，他救走了小智，最后他派出他的两只宝可梦（还有一只是著名的‘肥大’）试图阻止盖欧卡和固拉多的战斗，但是冠军级别依旧无法参与其中。
赤焰松和水梧桐不是没有科学常识的疯子，他们只是渴望力量的疯子，最初他们为了得到固拉多和盖欧卡的力量，从送神火山夺走宝珠，而宝珠本身蕴含部分固拉多/盖欧卡的能量和意志。他们没能力抵御宝珠的力场，头脑被灌输了固拉多和盖欧卡的意志，即“扩张大陆，蒸发海洋”/“扩张海洋，淹没大陆”。固拉多和盖欧卡每千年到琉璃市打架的原因，并不是完全出于本能的对立，而是为了争夺琉璃市陨石的能量。最后，我们再来评判一下劝架者裂空座，它在事件中真的是纯粹的善人么？陨石的部分能量也被裂空座吸走，它也获得了相当强力的增益。事件结束之后，投机者裂空座劝完架也没有处理好善后工作，反是把烂摊子继续留给人类自己慢慢收拾，它则自顾自地飞回了天空之柱。
宝可梦的世界，和现实世界一样，没有纯粹的善、没有纯粹的恶，有的只是永恒的利益争夺。裂空座的“天皇器官”以及朱红色宝珠和靛蓝色宝珠就像是这些能量的集合，它们的作用不正是对应宝可梦力量再次提升迎来下一轮强大的超级进化。
熔岩队和海洋队两个组织长久以来的对立最后解除，他们组织存在的意义受到了根本上的质疑，这才是此次最好的消息，其实他们对宝可梦世界的稳定性并没有造成太大的影响；这两个组织还想继续存在，可能明龖前世的日本黑帮是一个方向。这些人实际上是脱胎于过去特立独行的“倾奇者”，他们衣着怪异、纹身、举止怪诞，常常身配长刀，恐吓村民，甚至滥杀无辜。日本黑社会的起源于武士阶层被废除之后，许多武士失去了生活重心，逐渐转向暴力犯罪；也有些武士开始经商或从事见不得光的行业，如开设赌场等。这些暴徒、浪人以及进入日本市场体系的其他新生力量都有个共同点：他们不被社会接受。
不确定他们的最终归宿，自家的天空队都还有一大堆麻烦事没有搞定，至少短时间里丰缘地区应该会风平浪静的；这次的对抗级别比较的一般，相对的只是惊动了一位宝可梦联盟大佬；明龖这次依旧“苟”了长时间的一轮，毕竟传说级别的宝可梦对决自己还是没什么发言权，虽说加上自家大爷般的两位“大佬”应该勉强能有点存在感，就是意义不大，没有必要出这个风头。对于阿渡，明龖不熟也没有打过交道，但对大名鼎鼎的的“龙之使者”肯定是知之甚详的，阿渡肯定也是对明龖有所耳闻，要说两人都代表了身后不小的势力，即使是第一次见面，双方都还是表现的很友好，至少结个善缘是必须的。
其实没有裂空座出场的“红蓝大战”显然是不正常的，这对丰缘地区来说应该也不是灾难，最最主要的应该是两个珠子都“搞混”了，时机也是不对，没有彩头的对抗实在是没有激情，而且还是被两个级别明显有点LOW的家伙“控制”下，随便搞搞就各回各家各找各妈。就是成就了最强皮卡丘的诞生，“咒印”什么的还是有不小的加成的，其实皮神的自身素质摆在那里，不是谁都可以随随便便的驾驭这种级别的“宝物”。
皮卡丘作为皮丘的过往，是袋兽妈妈收养了它，皮丘和小袋兽相处的非常好；后来，下起了大雨，袋兽妈妈因为带着两个孩子，所以走不动路，皮丘很心痛。于是，在到达了山洞以后，皮丘毅然离开了袋兽，在告别之时，皮丘进化成了皮卡丘，后来被大木收服，有了接下来的故事。皮卡丘的能力有时能与传说的宝可梦匹敌，有时候皮卡丘的能力又会变得非常弱小，尤其是在道馆战中，它很快就被敌人轻易地打倒；即使它已经拥有着强力的电力攻击，也还是不断地学习新招式。皮卡丘对小智非常忠诚，它不但不会轻易相信陌生人，还会友善对待人类和与它亲近的宝可梦；它甚至也会如同守卫者或者哥哥般照顾小霞的波克比，也会在其他宝可梦吵架时负责调解他们，这也就是人见人爱的“皮神”了。