关于“弱肉强食”已经有点善良的过分的明龖也是相当无奈，弱肉强食是告诉你社会规则是这样的，你要变得更强才可以有更好的人生；善良是因为，生而为人，善良是不可缺少的品质，如果你对别人善良，别人才可能（重点在这里）会对你善良。明龖觉得二者并不矛盾，做人是应该善良，但不是任人欺负，晓得社会规则后，仍然保持善良；不能因为他人不善良，而改变自己。很多人说这样的话，可能是因为，他们希望自己的孩子永远美好永远善良，但同时又不希望孩子长大后接受不了残酷的现实，所以既要告诉你社会规则，又要告诉你为人处世的准则。可惜这些内容对于“索蓝斯”家族的“孩子们”并没有说服力，他们依旧经常给明龖各种各样的脸色。
说回刺龙王，野生状态的刺龙王平时为了储存力量，它都会睡在海底深处，一旦睡觉醒来以后，就会释放很大的力量，通过漩涡还可以制造龙卷风；打个哈欠就会引发潮旋，当它浮出水面的时候，会产生足以将船只吞没的巨大海浪；它会在暴风雨袭来时出现在海面上，如果遇到快龙，便会开始激烈的争斗（这是两个种族关于“神格”的争斗，快龙可以掌控风暴，刺龙王控制波涛，在大海之上可是不死不休的，很大的锅应该要由洛奇亚来背）。
在丰缘地区这里水域异常宽广，更被裂空座、固拉多和盖欧卡三分天下，前世破碎大地之巨兽贝希摩斯、覆灭海洋之巨鲸利维坦、撕裂天空之巨鸟席兹便是丰源三神的设计来源（贝希摩斯和利维坦打架会导致世界毁灭，最后它们两个会和席兹一起被造物主吃掉，所以游戏里每次固拉多和盖欧卡打架时去请裂空座的时候祂都会帮忙不是因为主角的话必须听，而是不想被阿尔宙斯吃掉）。但宝可梦世界的诸神也是会更新换代的，而且细分领域不断增加，成神之路说不定就在你面前；能力越大，责任越大，束缚也越大，这条路是生命的终极追求，但也意味着受到的束缚超乎想象，当你即世界的时候，你将是不能偏袒任何的存在。
冠军都没有一个，没有资格考虑这些，继续旅行，千里家的两位大爷又在搞事情；小智则眼尖的看到了从以前就很中意的宝可梦木守宫（转移注意力成功），他兴奋地想马上收服木守宫（间歇性白痴发作），但是却不小心从山坡上滚下去（结实耐操）。与小遥等人就此走失的小智，滚到了一颗枯萎而神秘的巨树附近，并受到一只木守宫攻击；虽然有皮卡丘可以应战，但皮卡丘却被木守宫敏捷的身手给压制住（主要是没用大招）。幸好在几只木守宫的介入下，这场莫名其妙的战斗还没开始就结束了；原来这些木守宫的目的是来带走这只独居的木守宫，它们对于这只顽固的木守宫不肯离开巨大树的行为深感头痛，而由于这只木守宫是在这棵树上出生的（擅长爬树的青蛙肯定是骨骼清奇），因此它坚持要照顾这棵树（以上来自喵喵的翻译）。木守宫的行为让小智非常感动，于是他用实际行动全力支持这只一心一意要照顾巨大树的木守宫（常规战术）。
有喵喵就有火箭队，他们今天要搞木守宫族群，而小智的皮卡丘也被一起捉走了，木守宫肯定要挺身而出，巧妙地引诱刺球仙人掌用飞弹针刺破了火箭队自己的热气球，从而使大家趁机逃脱；经历此事后，木守宫得到了同伴们的理解（什么逻辑?），但那棵巨大树终于还是因过度衰老而倒下了(怎么看都像是有人从中劈开)。接着，木守宫向小智发出了挑战，小智派出皮卡丘打倒了它并顺利将其收服（神级红白球加上事后邀请横身六合）；最后木守宫种下了巨大树留下的种子，告别同伴跟随小智一起离开，酱油的一天也是不错的。
关都地区真新镇的大木研究所迎来了火箭队“二队”的亚马多和小三郎，对于这个世界的研究所还真没有什么严密的安保系统，所以他们偷东西很简单，但要逃出去可就千难万难，都不用大木博士亲自下场，一群小家伙就轻松搞定；这个故事就是故意卖卖情怀，别的宝可梦还是要刷刷存在感，不能有了新人就忘了旧人，话说妙蛙种子委实不错。
小智一行人在森林里吃饭，这是旅行中最快乐且轻松的时间之一，大姐大应该是去新东方还是蓝翔进修过，完全无差评。但是有个黑影躲在草丛中专门瞄准这快乐的时刻，原来是毒蛇宝可梦饭匙蛇想要偷走食物（这种程度的危险是无所谓的-大佬的自信）；小遥的宝可梦火稚鸡继续扮演悲催的角色，不仅被抢走了食物，还被饭匙蛇玩弄于股掌之间。当小智和小刚派出皮卡丘、傲骨燕和佛烈托斯对付它时（不讲武德），它使出黑雾干扰了它们的视线；不过小智的木守宫很快的以漂亮的身手救下了火稚鸡！这里要说一下，身体力量也是很重要，还有格斗技巧，当然宝可梦对决招式是最主要的，但其他的素质也会影响很多东西。
可是，愤怒的饭匙蛇随即使用毒尾也让木守宫的右手受了重伤（明龖依旧在划水）；草青蛙被大家紧急送去附近的宝可梦中心，治疗过后虽然没什么大碍，但是木守宫无法接受自己被饭匙蛇打败的事实（主角模版生成），便悄悄离开宝可梦中心，打算独自找饭匙蛇做一个了结。
与此同时，火箭队看到了这只饭匙蛇与小智等人对抗的样子，便想要收服它。虽然火箭队设下了陷阱（依旧很弱智），但饭匙蛇却识破了他们的计划；之后，它又挣脱了火箭队用于捕捉它的网。当火箭队开始用餐后，饭匙蛇也盯上他们的食物，它不但偷走火箭队的食物，还咬断了武藏的头发（大忌中的大忌），导致武藏愤怒至极。愤怒的武藏自己使出了乱抓和百万吨重踢（什么神鬼莫测的身体素质），使得饭匙蛇马上失去战斗能力，并在小次郎和喵喵的提醒下收服了它（根本就是自己主动送上门的打手，名声大了作为坏人也是不会缺乏追随者的）。
而小智一群人也在瀑布旁边找到了木守宫，原来它正在独自进行着严酷的特训，以求变得更有力量（这个剧本不是主角是什么）；这时火箭队出现叕抓住了皮卡丘，同时再次更新了关押皮卡丘的“牢笼”（有新设备时，皮神都可以休息的），并派出新收服的饭匙蛇攻击众人，木守宫和饭匙蛇那是仇人见面分外眼红，草青蛙利用类似木叶旋风的高空旋转尾部拍击将饭匙蛇打败，成功地赢回了自己的尊严，木守宫不忘提醒皮卡丘放飞今日份的火箭队。
丰缘御三家的实力和素质都是很好的，就是目前火稚鸡还在搞笑，但“天命之子”小智的木守宫已经天赋爆表，不知道留个小刚的水跃鱼又会如何；但在等着明龖的宝可梦倒是很快就会来了，虽然心里很矛盾，但该来的总会来的，想躲那是没有机会的。
一行人也总算从橙华森林里跑了出来，来的了现代化的城镇-凛新镇，一个明龖前世毫无印象的地方；但有现代化设施可就舒服多了，小智和小胜一组要去吃汉堡，明龖悲催的被小遥拉着去逛街了（果然是大小姐做派），大家约好最后在宝可梦中心会合。
又在体验生活的火箭队今天是伐木工人，除了做坏蛋，他们做什么的是有模有样的；小遥的购物欲爆棚（就是不买一个的那种），让明龖生无可恋，大姐大倒是兴致勃勃，好像发现了新世界。小智和小胜他们的五藏庙很快就安抚好了，小胜来到一个新地方就拖着小智去寻找生活在城市里的宝可梦，好奇心满满；很快就在街头发现一只因为害怕躲在巷中发抖的蘑菇宝可梦-蘑蘑菇。
蘑蘑菇最初对小智两个有很大的戒备心，不过很快的就对温柔呵护自己的他们打开了心扉（主角光环吧），而小胜对于本来应该住在森林里的野生蘑蘑菇为何出现在城市里，感到非常的不可思议，感觉自己好像又可以好好研究研究了，还是见多识广（神经大条）的小智习以为常。
另外一边，在街上闲逛的明龖和小遥也听到了镇上被诅咒大宅院的传闻，大小姐立马决定前去探究竟，明龖也是欣然应往，这个世界的超自然现象几乎都和宝可梦有关，但在普通人的生活圈里，很多的知识和技术都没有完全的推广和普及。
小智和小胜决定先将蘑蘑菇送到镇子里的宝可梦中心看看情况，但在经过一栋老旧的大房子时，蘑蘑菇突然挣脱了小胜的怀抱冲了进去；这一幕刚好被正在老房子里干活的火箭队看见，而之前明龖和小遥已经先他们一步进了房子里，不知道等待他们的将是什么“鬼屋”。