此时，苗民仍然控制了乌巢河和大龙洞河以东、沅江以西、酉水以南、辰水以北的大片苗区。吴八月手下苗军数以万计，且攻防铁炮从无到有，战马兵器有增无减，起义军已迎来了由雅酉大提以后第二个兴盛时期。
苗族起义军保卫着苗疆的每一寸土池。他们做陷阱，设木枷，布暗弓，筑石城，使得清军每进一步均得付出很大的代价；每占一个小小山寨均得进行一次惨烈的决战。清军东进从黄瓜寨到栗林、勾补，仅二十来里，打了半年之久，尚无法占领。福康安在报告乾隆皇帝的奏折中，不得不承认，义军地盘“路径最为险峻”，义军“于遍山上下层层坚筑本地、石卡、守榔茨固”。“苟有一线生路，愈加拼力抵御”。
清朝廷见出兵半年仍个能将苗族起义镇压下去，十分焦急，乾隆皇帝只有抓住属下出气，在他给福宁、刘君辅的渝旨今指责道：“二人先后前往该处，竞致一筹莫展，所办何事?朕现在因军务紧要，宵叮焦劳，福宁等宁不知之?何竞漠不关心，迁延观望耶?”福宁，刘君辅二人接旨后长仍想不出什么良策妙计，只得硬着头皮继续与苗军拼战．
清朝廷源源调兵遗将，苗军虽奋勇杀敌而不见其少，被焚烧的苗寨而日有所增，义军地盘也越来越少。清军集中优势兵力逐渐向起义军的中心地带—花州、平拢一带压过来。是年九月，乾隆皇帝为了鼓励将土征剿，予福康安晋封贝子，和琳封一等宣勇伯。
尽管乾隆帝旨令，“若不能渡，竞寻别路”、“兵贵临机应变，守待大乌巢河原属无益，望及早稳渡，迅得成功”。但福康安早已胆战心惊，以“后路绵长”、“兵力不敷”等为辞，在乌巢河驻扎，与义军相持对垒。其间，吴天半率部一度到麻阳境内，强攻巴斗山和高村，又从镇筸聚众袭击驻守在乌巢河的清兵。吴天半的队伍忽聚忽散，四处出击。清军视为毒蛇猛兽，恨得要命，无可奈何。
同年八、九月间，清廷调兵遣将，调集三路兵力会合夹攻乌巢河。乌巢河一带起义军形势迅违恶化，吴天半一路义军处境日益困难。但他们没有被重兵追剿所吓倒，而是奋勇抵抗，多次重伤清兵。八月二十一日福康安、和琳上奏叫苦曰：“臣等驻扎杨柳搪之后，连日秋霖绵密，重雾迷漫。兼以山径崎岖，逆苗处处苍固。臣等焦灼万分，日夜虔心祈祷…遍山石卡木城，砌筑无数，每于雾雨阴晦之时，卡内枪声络绎，虚张声势，狗脑坡、古长坪、杨柳塘、牛练塘等战斗，义军击毙了清兵副获军参领定扎勒、游击额尔登、都司叶攀风、守备聂世荣、祁助。协领观首保亦被义军追赶落河淹死。”官兵伤亡惨重。
“首逆辗转窜逃”，福康安等“五中愧惊交迫”，乾隆帝亦“心急如焚”。上下部在“凤夜筹恢”捉拿吴天半。于是，福成交一面督兵进攻，“一面格降苗妥协驾驭，并诚宣示”，如得吴天半等实在—落，即今“密行驰报，以便跟踪搞捕”。九月十五日，清兵占据摩手寨山梁，四处安设营卡，倍加严密。
九月二十日，清军探访得吴天半确从鸭堡寨赴高多寨。为此福康安等调集了比攻打苏麻寨还要庞大得多的队伍进行围剿。吴天半陷入重重的包围困中，不幸被俘；吴天半自四月二十一日从苏麻寨突围，在乌巢河一带出生入死，抗击清兵，直到九月二十日，来到高多寨“纠集众苗希图抗拒”，整整进行了五个月艰苦卓绝的战斗。
清乾隆平定苗疆得胜图：《攻克高多寨》
图说：图左方有大河，以大河为天险，河对岸有石砌城堡高多寨，清军已拥入城内，吴天半双手反捆被带至城外平地上，四周清军步兵环绕，骑马的福安康等人正行至此处。
乾隆得知吴天半被俘，立即下谕曰：“福康安、和琳、访得首逆吴半生、从鸭保寨来至高多寨。即四面攻围。不遗余力。将首逆吴半生擒获。现在乘胜长驱。直攻鸭保等处贼巢。览奏实深喜慰。此次逆苗滋事。福康安、和琳、统领大兵。于崎岖险阻蛮烟瘴雨之中。有战必克。朕即知成功在即。特沛恩纶。福康安晋封贝子。和琳封为一等宣勇伯。甫及十日。而福康安和琳已将首逆吴半生俘获。逆党吴陇登等、闻风胆落。断不能稍延残喘。奏凯蒇功。克期可至。福康安、和琳、著再交部从优议叙。福康安之子德麟、前已承袭恩赏轻车都尉。加恩赏给副都统职衔。在御前侍卫上行走。和琳赏系黄带。以旌劳勚。孙士毅、毕沅、姜晟、冯光熊、于办理粮饷军火等事。均无贻误。亦著交部分别从优议叙。”
据吴天半在供词中说，他在鸟巢河失守后，身边跟随的人越来越少，乾隆六十年九月二十三日，吴天半败逃高多寨，被清军“四面包围，无路求生，手下的人都不敢打仗，只得投出来饶命”。吴天半被捕后，被清军当主犯解往北京杀害。
决战乾州—“乾嘉苗反”的平息
围绕乾州及周边地区的战斗，是双方最后的决战。而这时苗民也遇到了重大挫折，清军利用吴陇登诱捕了吴八月。
吴陇登是凤凰厅鸭保寨的苗副百户。他与强虎哨汉族地主杨国安任百户，两人关系甚密。起义爆发不久，杨国安就逃到辰州投降清军，供出了乾隆五十九年（1794）十二月在鸭保寨歃血结盟苗族头人的名单。
起义开始时，由于吴陇登家大业大，在当地有一定的威望，曾一度担任过起义军歃血盟誓的“盟首”和四路义军“都统”之职，被首领们尊为长者，实际上他只负责起义军情报传递和军粮供应之事。
吴陇登参加起义的目的有投机的成分，希望多夺些“客民”的土地，也有被动被挟裹的因素。黄瓜寨、苏麻寨沦陷后，吴陇登就曾经动摇过，但当时鸭保寨周围都还在义军手里，他找不到投降的机会。而乾隆皇帝在奏折中查出了吴陇登的底细，在给福康安的谕旨中提出以吴陇登为主要招降对象，在他于石柳邓、石三保之间挑拨离间，“使之相互擒献”。