但是凌纯声、芮逸夫这次调查在当地苗族的知识界也引起了很多不满和非议。
为展现民族“和谐”，地方官员在交谈中尽量回避民族矛盾，还有计划地安排凌、芮一行进行实地调查，这样也就很容易掩盖行为事实的真相，忽视苗疆人民在政治权利和经济发展等方面存在的问题。在整个调查过程中，凌、芮二人每到一处，看到的应该是苗民“祥和”、“稳定”的表象。地方官员的“为官之道”，现今的中国也是有过之而无不及，还有当老百姓一看到荷枪实弹的士兵，应该连说话的底气都不足，更不要说轻松交谈，吐露心声了，也就难怪凌、芮二人的著述里更多的是关注苗族文化事实，而极少反映苗民的教育程度、经济状况、社会地位和政治权利了。
湘西调查团一行在路上勇士衡 民国二十二年六月摄于往凤凰途中
湘西苗族的知识界对凌纯声、芮逸夫对苗疆苗民记录中体现出来的探奇行为表示了不满。在凌、芮考察结束后，控告凌、芮之函由“湖南苗族代表彭天放”领头署名，同时在此函上署名的还有“浙江獠族、广东黎族、云南苗族、广西猺族、四川蛮族、贵州苗族”等代表各一人。当时的蒙藏委员会委员长石青阳，致函中央研究院院长蔡元培告以此事，并将彭天放等人的控诉信附上，请该院“存察”。蔡元培在覆函中，附上凌纯声等人对此事的答辩书，控告凌、芮等人“以苗俗古陋，多方采集，制成影片，以为谈笑之资、娱乐之具、谋利之用也”，并控以三大罪状：“勒逼苗民杀牛祀神”、“逼索良家妇女打花鼓，肆淫乐，不从者鞭鞑之后，罚款随之”、“勒派夫役，供彼驱策”。
凌、芮对这些指控都进行了解释。
凌纯声、芮逸夫先生认为湘西鼓舞是苗族原生文化中值得记录的部分：“湘西苗族的文化虽较落后，然在其保存的原始文化中，并非一无可取。如鼓舞、技击等，都有保存的价值，而尤以鼓舞最能引人注意…”虽然湘西苗族鼓舞很有记录价值，但是“近年以来，地方政府屡次出示严禁苗中淫祀，因此跳鼓藏一类的鼓舞，已不常举行。而苗中稍受教育所谓有识之士，谈及他们的鼓舞，常引为奇耻大辱，以为是暴露他们野蛮的特征。数十年后，这种可以表示民族性的鼓舞，恐将消灭，兹将调查所得，详述如下…”
男子三人鼓舞表演勇士衡 民国二十二年六月摄于凤凰新寨
从这些记录我们可以看出，虽然凌纯声、芮逸夫也意识到鼓舞在湘西已经过时，而且还被认为是有损民族形象的活动，但是他们坚持认为鼓舞习俗是体现苗族精神之物，所以尽管这类文化行为已经过时，凌纯声、芮逸夫仍不遗余力地占用很多篇幅，把湘西鼓舞划分为单人舞、双人舞；槌舞、拳舞两种分类，并且图文并茂的依次展示了22 种槌舞、8 种拳舞的舞姿、舞步。这样浓厚的民族文化探奇色彩为我们认识苗族文化奠定了基础，但同时也因此饱受后来学者的批判。
凌纯声、芮逸夫秉着“求真”的研究动机于政局混乱之时，在湘西采取了重点关注苗族文化的调查行动，凌纯声、芮逸夫极富探奇色彩的实地调查引发了湘西苗族精英的不满，一方面部分民族精英向蒙藏委员会致函，指责凌纯声、芮逸夫：“以苗俗古陋，多方采集，制成影片，以为谈笑之资、娱乐之具、谋利之用”，转而状告并传达到了蒋介石那里，后蒋介石责令凌纯声等人汇报事情原委，凌纯声则声明：“科学的目的在于求真，欲知苗族生活之真相，非借标本影片不足以表现。多方采购标本及摄制影片，正所以求其真，而保存其文化之特质也…”凌纯声针对苗族民众的不满，解释了制作影片等手段的目的，至于他们在制作影片和调查时所体现出来的文化关注倾向则是深深隐藏于此目的之下。
而对称寨民打花鼓表演，为绥靖处、陆军34师屯政处、乾城县政府等单位安排，他们只是受邀参观而已，并在表演后皆给予本地人酬赏。沿途交通所雇轿，皆付钱请当地轿行安排。除了否认指控数点外，并称由凤凰出发陪同他们前往各地的，有陆军新编34师师部参谋、独立旅副旅长、屯政处副处长、科长与凤凰县府秘书等等，以此说明他们不可能勒逼、鞭挞百姓。
尽管有这样那样的质疑和问题，不能否认凌纯声、芮逸夫的湘西苗族实地调查报告不仅填补了学界此前对苗族研究的空白，而且丰富了国人对苗族的认识。实践证明，凌、芮二人的调查研究为民国政府认知和构建边疆和族别添砖加瓦，还为后人对苗族研究提供了良好的素材和依据。
觉醒—石启贵对湘西苗族权利的抗争
凌纯声、芮逸夫的湘西苗族实地调查加深了外界对苗疆的认识，而且加深了苗民对自己的认识，这方面走得更远的是另一位苗族知识分子—石启贵。
1933年凌纯声和芮逸夫到达湘西，石启贵为研究助理之一，而且是助手当中文化水平最高的一个。在离开湘西后又继续委聘他为国立“中央研究院”的“补充研究员”，从而将石启贵引入了民族学研究。经过多年的田野考察，石启贵在之后的多年间撰写了大量关于当地苗人文化各个方面的著作。
石启贵的祖辈是乾嘉苗乱时的难民，他们逃难到乾州附近的一个清军屯防点仙子营定居下来务农为生。石启贵12岁读私塾，民国初年(1912年)，他进入乾州一所新开办的公立小学开始接受现代教育。毕业之后，由于父亲去世他被迫休学，后来在岳父的资助下，他得以离开湘西远赴省城的一所公立中学学习。以优异成绩从中学毕业后，他又考入湖南群治法政大学继续深造。
大学毕业后，石启贵典当了自家的水田筹集旅费前往当时的国都南京，再到其他大城市，如上海、武汉等地游历半年，然后把照相、纺织、养蚕、改良稻种等设备和技术带同湘西。从1926年开始，他在当地山区着手进行公共发展计划，组建了“乾城县苗民文化经济改进委员会”，同时担任中学教师。
所以石启贵涉足民族研究也就不足为怪了。他在凌、芮二人离开之后，继续进行调查研究。与凌、芮二人较高的社会地位不同，石启贵生在湘西、长在湘西，从小务农，生活艰苦，深切感受到苗民备受歧视, 经济文化非常落后。由于当时湘西地区匪患猖撅,社会极不安宁,加上缺少地方政府的安全保护，石启贵的实地调查，比凌、芮二人的调查要困难得多，艰苦得多。石启贵下乡调查有时一天要翻山越岭步行七、八十里, 途中常遇危险, 甚至还要被搜查捆绑。石启贵脚穿草鞋，手持竹杖，顶风冒雨，走遍湘西乾州（今吉首）、永绥（今花垣）、古丈、保靖，贵州省的松桃、铜仁县的一些地方。他的足迹遍布湘西和黔东的曲径小道。他为“求明了真相，考察时待人诚恳，查询无遗”；他“遍访边民悉苗情”，常和苗家老人促膝长谈，共枕而眠；苗民有难处他热情相助。他到县府、乡府找官绅苗王，拜访誄hong王，诚心诚意向他们求教。正是因为石启贵的平民身份，因此他在调查苗情、记录苗俗的过程中，对民族权利、苗乡建设投入更大的关怀。