这里就有一个争议。《铜仁府志》载；“(苗)遇病不服药，专以祭为事。”苗疆的地方志中，也多苗族因病“延巫祈祷”的记载。事实上，所谓“遇病不服药专以祭为事”的记载是片面的，《凤凰厅志》就有“间亦有以药疗者”的记载。苗族自古既懂得用草药治病，因其所用的草药均以苗语命名，“非方书所载”，于是外族认为“其药名色诡异”。苗族的草药虽“或吞或敷，奏效最捷”，但由于古时苗医的诊断知识有限，难免“误死亦甚速”。然而治疗明显的创伤，则收效甚速，如《保靖县志》所裁：“往往有枪伤刀砍，痛不可支，一药而愈者，亦奇技也”。另清乾隆初阿琳《红苗归流图》 也有“采药治病图”。
清乾隆初阿琳《红苗归流图》 采药治病图
所以苗民往往也是遇病求医无效后，才祈求巫术的。
苗族人虔信巫术，因偶然发生疾病，或遭遇不祥的事故（如婚姻、是非、偷盗、田土纠纷），或预示将发生不幸（如看见蛇爬树干，出门遇到鸟粪淋身，梦见树木被大风吹到等）都要举行特祭，也就是人们所的做法事。主要的活动有过阴、占卦、神明裁判、祭鬼等，此外还有蛊术等。
惧神明—祈先祖、惧巫鬼、
苗疆苗民还普遍崇拜祖先。由于苗族人长期的部落之间的战争、部落与外界之间的战争和迁徙、动荡的生存环境导致内心缺乏安全感，因而常常乞求得到祖先灵魂的庇护,幻想用祈祷和祭祀等仪式能够取悦于那些冥冥之中主宰世界的神灵。
他们通过各种各样的仪式虔诚地祭奠着祖先，相信祖先在冥冥之中的天上会保佑着他们的后代。为此他们每年都要举行盛大的祭祀活动，其场面极为隆重、肃穆、庄严。置身其间，不由人不感到，祖先的魂灵就要从阴间返回来了。人与人、人与神灵、自然万物，彼此融为一体。他们一年全部收获与欢乐，仿佛已经被整个自然感觉到并被祖先分享了，
于是，在腊尓山苗疆就产生了许多相应的祭祀节日，例如前面说的“吃牛”，也叫“吃牯脏”，还有“敲棒棒猪”、“椎牛祭祖”等等。“椎牛”是苗族规模最大最古老的祭祀活动，其主要目的是祭祖，所谓祖就指苗族的列祖列宗，要从近祖请起，一直上溯到远祖，知名的和不知名的历代祖先都要请到，主要有：马狗奶国（就是盘瓠和辛女）、雷神、龙神、五谷神等，此外还要请一些小鬼神，地地道道土生土长的鬼神。
而畏鬼信巫，今昔无异，尤为他族所罕见”；无论大小事务，“咸以巫师一言为断”。“鬼”与“巫”在民间的影响尤为明显之事实。
据乾隆《凤凰厅志风俗》记载:“苗人有病必曰有鬼，延巫祈祷，酿酒剖牲，约亲邻饮福，名曰做鬼，既祭小愈，则委之于命，祭后插标于门，小许人入其家，若小知而入，谓惊其鬼，必勒入者偿其所费之数。”。
由于苗人信鬼，而巫又是沟通人鬼联系的专家，故苗人对巫非常敬重。清田雯《黔书》卷一载:花苗，“病不服药，惟祷于鬼。谓其巫曰鬼师。鬼师乘是以愚之，或宰牲碟鸡，或杀牛，虽极贫亦必称贷而为之。往往以此破产，终不悔悟。”龚柴《苗民考》载:“畏鬼信巫，至虔。人病则曰有鬼，延巫祈祷，酿酒割牲，约亲邻饮，福名曰做鬼。不愈，则委之于命。”
所有的宗教仪式都由苗老司来主张所谓苗老司苗语叫“巴岱”，“巴”泛指雄性，指人则为男人，“岱”有在、对、对付的意思；相对应的“乃”指雌性，指人则为女性，而没有“乃代”这个称呼，只有“乃起”，“起”即放蛊巫术。显然苗疆已经没有女巫师，女的如果懂巫术，就是杠仙的仙娘和放蛊的巫婆了。
苗族多在秋后举行宗教仪式，因此苗老司平时多半种田或做手艺，以宗教为职业是不可能的，从事宗教活动所得的收入，只能算是副业收入。由于苗族没有文字，宗教不成系统，苗老司的祝词可以随讲随好(为此，苗老司杜撰了一些浅显的故事)，只要能通过传统的宗教仪式来自我安慰和取得信心就行了。苗老司除了熟悉祭祀方法外，大多还能讲述本宗支的谱系、本民族重大历史事件和迁徙来源的路线，熟悉各种神话传说、古歌古词和民间故事。苗老司在举行椎牛和打猪重大祭祀活动和婚礼民俗时，常常唱一部“苗巫神辞”。由于苗族没有文字，苗巫神词只能心记口传地延续下来。苗巫师手摇铜铃面朝东方或“夯哥”（苗语名称，即祖先灵魂栖息的地方），口念巫词，内容从请巫师起，请亲戚朋友帮忙，举行椎牛、打猪的目的，直到追忆苗族起源，如何战胜强敌和洪水猛兽，求得生存发展的悲壮历史和苗族由北而南，由南而西迁徒的艰苦历程，它是苗族人民世世代代通过口耳相传而保留下来的。
明成化 沈瓒 《五溪蛮图志》 鬼祭。图中苗族巫师（苗老司）手摇铜铃，祭鬼除灾。
不过，延请巫师或鬼师来治的病往往是较严重的病，一般的小病小恙，民间传统是自己行一些简单的小巫术加以治疗。就来嘉庆年间李宗昉《黔记》曾载:“黔俗，家有病者，妇人以米置鸡子之上，蹲门而攘之，名曰叫魂。”罗绕典《黔南职方纪略》卷九载:西苗，“除夕，各置鸡酒，呼合家老幼姓名，谓之叫魂。”这种为病人或节日而进行的叫魂之俗，就是一种简单的巫术。在汉族乡问，这种小巫术也极普遍。
他们有许多禁忌，如夜里不能在家里吹哨—吹口哨会招惹鬼怪；不能用脚踩或移动火坑里的三脚—对祖先不恭或不吉利；大清早忌谈龙、蛇、虎、豹、鬼；在外客死的人不能抬进屋—野鬼不能见家神；七月见蛇进屋不准打 —据说是祖先的化身；孕妇家里不能随意动土、钉钉—防止震荡胎儿坠胎；见蛇交配不能对人说，只能先对树说—此乃不祥之兆，对人说人死，对树说树枯…，凡此种种，多出自对祖先的尊重和趋吉避凶的考虑，而又一律奠基于人、神、自然万物的生命能够相互感应、交通的观念。