《深海余烬》的故事发生在一片被人们以无垠命名的狭小海域。
凡人在海上分布着的岛屿之上建起城邦，依靠勇气、智能和神明的庇佑延续生存，发展文明。
他们将这个世界分层为神国、现实、灵界、幽邃深海和万物之下的亚空间，并认为秩序从神国的契约中流出，向下流转，所以越往深世界越发扭曲、崩坏。
无垠海的海面之下游弋着不可名状之物，城邦地下的黑暗中滋生着阴暗之物。
人类用火焰驱散黑暗，用蒸汽机对抗海浪，用一代又一代冒险者的生命，向外探索那黑暗中的未知。
无垠海的边界名为永恒帷幕，林恩则在背地里称其为地图边界的空气墙，永恒帷幕之外不存在正常时空。
然而，见证邓肯航行的林恩很清楚，那片以无垠为名的海不过是一个狭小庇护所。
在那毁灭了无以计数的世界的大湮灭中，各个宇宙的最后伟力，也就是被称为「远古诸王」的存在们创建了它，以此保存下生命和文明的火种。
无垠海中各城邦信仰着四位正神，祂们正是远古诸王中状态最好的四位存在，他们以自己的一切维持着庇护所。
这四位存在分别是执掌智能与愚钝的智能之神拉赫姆，执掌风暴和静水的风暴女神葛莫娜，执掌历史和时间的永燃薪火塔瑞金，执掌死亡和生机的死亡主宰巴托克。
而现实之下有着被称为邪神的存在们，凡人们认为祂们觊觎着世间，是污染和腐化的来源，认为无垠海之上的异常来源于他们和亚空间本身。
最为知名的邪神有两个，「蠕变日轮」黑太阳和幽邃圣主。
然而，这些「邪神」曾是远古诸王的一员，是创造并支撑庇护所的基础。
但凡人理解的没错，祂们现在确实是污染和腐化的来源，威胁着庇护所的一切。
因为大湮灭还在进行，每一个旧宇宙的一切都是对象，远古诸王也是，「邪神」就是其中状态不好的那些。
此时，距离失乡号沉入亚空间已经过去了数十年。
余烬将熄，这个世界仍在走向预定的腐败。
这辆由远古诸王用废品拼尽全力拼凑出的破车终究会解体，这也是他们早已计算出来的事情。
他们所做的就是，拖一秒，再拖一秒，去求取那一丝希望，就算没有希望到来，文明每一秒的存活本身就是意义。
庇护所的崩溃在众神的预料之中，天上悬挂的世界之创如达摩克里斯之剑提醒着所有伟大存在：
大湮灭还未结束。
末日在追逐着他们，从空间上追逐，从时间上追逐，从规则上追逐，从信息上追逐。
但是今天，似乎有什么不一样了。
流动着苍白光流的世界之创中传来了信息。
世界之创背面的黑暗太空中，一颗炙热燃烧、释放着庞大引力的恒星收到了它。
「蠕变日轮」黑太阳！
这一轮在虚幻中燃烧的烈日缓缓转过了一个角度，将背面那些晦暗苍白的血肉和绵延亿万公里的卷曲枯萎的触腕转向世界之创。
血肉和触腕簇拥中那只半睁半闭，已经朽亡不知多少岁月的巨大眼瞳似乎又活跃起来。
世界毁灭之后，时间就无法衡量了，而在那些无法衡量的时间之后，宇宙毁灭的灰烬中从未出现过一丝新的信息。
更别说作为大湮灭表现的世界之创中。
直到现在，一个理论上不可能存在任何事物的地方出现了信息！
晦暗的血肉激动地颤动起来，其上热烈燃烧的日冕也变得明亮起来，黑太阳伸出触腕去触碰那份信息。
收到信息之后，黑太阳瞬间沉默下来。
过了不知多久，这位扭曲而不可名状的「古神」才突然从体内发出一连串怪异的震颤和咕噜声，随后那乱七八糟的声音才又重组成一个有理智的音节——
「……啊？」