鲁迅与南京的关系相当不浅，虽然他在南京只是前后五个年头，比起留学日本的七年来，时间要少些。他于前清光绪戊戌（一八九八）年闰三月十一日从绍兴出发，经过杭州上海，于十七日到了南京。四月初五日写信给家里，说往江南水师学堂考试，作论文一篇，题为“武有七德论”，考取为试习生，将来有缺可补二班。他所进的是水师的管轮班，即是后来所谓轮机科，但是他在那里只留了半年，于十月中回到家里，那时他因为学堂里太是“乌烟瘴气”，已经退了学了。到了十一月二十四日又动身往南京去，改入江南陆师学堂附设的矿路学堂，十二月十七日家信附寄功课单一纸回来，可以证明已经考进学校了。至辛丑（一九一）年十二月初八日起毕业大考，壬寅（一九二）年正月决定派赴日本留学，二月十五日乃离南京赴上海，转往东京去了。
那时前清政府还是用科举取士，考试八股文和试帖诗，知识分子想求“上进”，只有走这一条道，才算是正路，此外如无钱捐官，只好去学幕，做“师爷”去了。学校还全然没有，不过顺了办“江南制造局”的潮流，在南京杭州等处办了几个特殊的“书院”，教授格致等所谓西学，不过还是需要膳费，穷人没法进去，只有关于军事的，因为中国一直说“好男不当兵”，投考的人很少，所以特别不收膳费，而且每月还给津贴，这种机关当然不能称为书院，所以改称“学堂”。鲁迅前后所进的便正是这种学堂，他之所以进去也并不是因为志愿当海陆军人，实在只为的可以免费读书罢了。水师既然是乌烟瘴气，结果只好改考陆师，恰巧其时开办矿路学堂，附设在陆师学堂里面，鲁迅便往那里去报考，论性质本与“格致书院”近似，大概因为附在陆师的缘故吧，名称也就不叫书院而称学堂了。
水师陆师两个学堂都在南京的城北，水师距旧时的仪凤门不远，它有很高的机器厂的烟囱和桅竿，在近地便可望见，从城外进来是在马路的右手。沿着马路前去，前面一处名叫三牌楼，便是陆师学堂所在地，但是从水师往陆师去，中间还有一条便道，要近得不少，只是不能通车而已。水师陆师都是军事学校，校长称为总办，照例是候补道充任，水师既是乌烟瘴气，论理陆师也该相差不远。可是不知怎的，陆师总办比较要好得多，鲁迅在校的后两年，总办俞恪士（名明震）乃是候补道里很开通的人，后来鲁迅对他一直很有敬意，在日记中说及称为“俞师”。现在事隔五十余年，陆师遗址几乎无从查考，水师在国民政府时代闻曾作为海军部官署，恐怕原状也已什不存一了吧。
鲁迅在南京这四年的修业，对于他的影响的确不算小。关于文史方面的学问，这一部分的底子他是在家里的时代所打下的，但是一般的科学知识，则是完全从功课上学习了来，特别是关于进化论的学说，虽然严椎赖摹短煅萋邸吩呛振憷枰黄畚囊氡荆敖肼桌怼保皇峭邸Ｐ瞧诩偃眨Ｓ沃囟嗍窍鹿芈胪罚ǔ圆柙诮旄螅┕穆ィǔ牵蜃用恚ǔ缘阈脑诘迷绿ǎ┖蠛隳训萌チ恕Ｂ逞负图父鐾Э赡苁芰寺绞Φ挠跋欤聪不镀锫恚幸换厮勇砩纤ち讼吕矗龆狭艘桓雒叛馈Ｋ怯殖Ｅ苈淼矫鞴使淮ァＤ鞘泵鞴使锹奕俗し辣淖に淙辉谔教旃螅嬉丫氯チ瞬簧伲腔勾嬖诤艽蟮钠缡樱辽俸喝似锫淼侥抢锶ナ呛懿黄桨玻鲎沤新钔妒摹Ｂ逞杆敲傲苏飧鑫Ｏ杖シ梦拭鞴使徊糠忠灿捎谏倌暄拢蟛糠衷虺鲇诿褡逅枷耄敫锩竦难墒呛苡泄叵档摹Ｎ矣谛脸蟀嗽鲁醯侥暇冀纤ρ茫寥梢侣逞讣赐毡救ィ晕抑苯又赖氖虑槭翟谥挥姓獯蟀肽甓选４拥蹦昃扇占抢镆靡唤冢魑焕
“十二月二十四日，晴冷。午饭后步行至陆师学堂，道路泥泞，下足为难。同大哥谈少顷，即偕至鼓楼一游，张协和君同去，啜茗一盏而返。予循大路回堂，已四下钟矣。晚大哥忽至，携来赫胥黎《天演论》一本，译笔甚好。夜同阅《苏报》等，至十二下钟始睡。”这里值得说明的，便是张协和这人。鲁迅在学堂的时候，我去访问，在宿舍内见到同住的人，乃是芮石臣，（原名芮体乾，毕业后改姓名为顾琅，）与张协和（名邦华）。后来派往日本留学，在这三人外加了伍仲文（名崇学），本来是“前五名”，又一个人则如鲁迅在《朝花夕拾》中所说，因为祖母哭得死去活来，所以只好中止了。这位张君与鲁迅同班同房间，日本弘文学院同学，浙江两级师范同事，又是教育部同事，直到鲁迅离开北京一直有着交往。张君后来在南京教育部任职，到解放前国民党政府逃往台湾，他这才离开，回到北京，仍旧住在他的旧址：西城松鹤庵二十六号。他的年纪同鲁迅差不多，前年走来看我，还很是康健。现在知道鲁迅在南京时代的事情的人，住在北京的，大概只有我们两人了吧。我就是不敢去烦扰他，他所知道的鲁迅在学堂的情况，一定要比我多得多了。
《新华日报》）